זוהי הפקודה obrotate שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
אוברוט - זוויות דו-הדרליות לסיבוב אצווה התואמות לתבניות SMARTS
תַקצִיר
אוברוט 'SMARTS-pattern' שם הקובץ atomXNXX atomXNXX atomXNXX atomXNXX זָוִית
תיאור
תוכנית ה-obrotate מסובבת את זווית הפיתול (הדו-הדרלית) של קשר מוגדר במולקולות
לזה שהוגדר על ידי המשתמש. במילים אחרות, זה עושה את אותו הדבר כמו שמשתמש מגדיר זווית פנימה
חבילת דוגמנות מולקולרית, אבל הרבה יותר מהירה ובמצב אצווה (כלומר על פני ריבוי
מולקולות בקובץ).
ארבעת מזהי האטומים הנדרשים הם אינדקסים לתבנית SMARTS, שמתחילה באטום 0
(אֶפֶס). הזווית המסופקת היא במעלות. שני האטומים ששימשו לקביעת הזווית הדו-הדרלית
ו לא צריך להיות מחובר לאטומים של הקשר ו
בכל דרך.
סדר האטומים משנה - החלק של המולקולה המחוברת אליו ו
להישאר קבוע, אבל החלק נקשר ו & מהלכים.
דוגמאות
נניח שאתה רוצה להגדיר את הקונפורמציה של מספר רב של מולקולות עם a
פיגום פירידיל ומוחלף בשרשרת אליפטית במיקום 3, למשל עבור
למטרות עגינה או 3D-QSAR.
כדי להגדיר את הערך של זווית הדיהדרלית הראשונה ל-90 מעלות:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
כאן 6 ו-7 מגדירים את הקשר להסתובב בתבנית SMARTS, כלומר, c1-C ואטומים 5 ו-8
להגדיר את הזווית הדיהדרלית המסוימת לסיבוב.
מכיוון שהאטומים כדי להגדיר את הדיהדרלית אינם צריכים להיות מחוברים ישירות, החנקן פנימה
ניתן להשתמש בפירידין:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90
שמור על טבעת הפירידיל קבועה ומניע את השרשרת האליפטית:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
שמור על השרשרת האליפטית קבועה והזיז את טבעת הפירידיל:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90
השתמש ב-obrotate באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
