odinreco - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

odinreco - שחזור אוטומטי לרצפי ODIN

תַקצִיר

odinreco [ אפשרויות ] -r

תיאור

odinreco: שחזור אוטומטי עבור רצפי ODIN

odinreco מספקת שחזור גנרי לרצפי הדמיה (ספין-עווית,
EPI, RARE, ...). הוא מאחזר את המידע על האות הנרכש מה-
קובץ 'recoInfo' המאוחסן בדיסק יחד עם הנתונים הגולמיים. ה-recoInfo
הקובץ מכיל מידע על מיקום k-space של כל חלונות רכישה
(ADC). כפלט, odinreco מייצר חבורה של קבצים עם פורמטים שונים של תמונה
(תלוי באופציה -f וספריות צד שלישי הזמינות ל-ODIN). שם הקובץ
של כל קובץ מתחיל בקידומת הפלט הנתונה.

אפשרויות

-BCW: שקלול מתאם של כל הלהבים מול הממוצע של כל הלהבים (במרחב התמונה)

-בף: פונקציית סינון לתיקון שלב הלהב (אפשרויות=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=NoFilter)

-בפוף: רוחב פונקציית המסנן המשמשת לתיקון שלב הלהב.[0.0 (0%) ... 1.0
(100%) מרוחב הלהב; -1.0 (100%) ... 0.0 (0%) מרוחב המרכז] (ברירת מחדל=1.0)

-bkf: פונקציית מסנן להב-חור מפתח (והארגומנטים שלה) (אפשרויות=Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=CosSq)

-בקט: רוחב מעבר להב-חור המנעול (חלק ממרכז ה-k-רווח שנדגם יתר על המידה)
(ברירת מחדל=0.20)

-bwf: פונקציית חלון/פילטר לשקלול kspace של כל להב (אפשרויות=Gauss NoFilter
משולש Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=משולש)

-בווו: רוחב חלון/מסנן לשקלול kspace של כל להב (ברירת מחדל=1.0)

-cp: השתמש בטרנספורמציה ישירה של פורייה עם תיקון פאזה מצומדת במקום רשת

-dce: TE משמש לחישובי סחיפה בשדה, אם אינו אפס [ms] (ברירת מחדל=0.0ms)

-dcs: מחרוזת בחירת אינדקס במתכון המשמשת לתיקון סחיפה (רשימה מופרדת עם רווחים של
'dim=selection', למשל te=2)

-dcw: אחסן סחף שדה לקובץ עם קידומת זו

-dd: השבת את תיקון הסחף בשדה

-df: פורמט פלט (סיומת קובץ) של קובצי dump (default=nii)

-דג: השבת את אינטרפולציית GRAPPA

-ה: השבת שחזור הומודין

-דמ: השבת שחזור רב-תדרים מבוסס מפת שדה

-dp: קידומת של קובצי dump (ברירת מחדל=./dump)

-ds: השבת את תיקון זמן הפרוסה

-אל: רמה ביחס לערך הממוצע של ההד הראשון להגדרת מסכת התאמת דעיכה מעריכית
(ברירת מחדל=0.50)

-f: רשימה מופרדת מרווח של פורמטי פלט (הרחבות קבצים), פורמטים אפשריים הם '3db
ניתוח asc coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (ברירת מחדל=nii)

-ff: פונקציית מסנן k-space (והארגומנטים שלה) (options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=NoFilter)

-fm: טען נתוני מפת שטח מקובץ זה

-fp: רוחב רמת מסנן (0=ללא רמה, 1=רמה מלאה) (ברירת מחדל=0.0)

-אלוקים: חלק של נקודות k-psace שיש להשליך בקווי כיול אוטומטי בגלל גבוה
שאריות (ברירת מחדל=0.0)

-gp: מספר קווי k-space שנמדדו סמוכים המשמשים לאינטרפולציה של GRAPPA
(ברירת מחדל=2)

-גר: מספר שכנים בכיוון הקריאה המשמש לאינטרפולציה GRAPPA (ברירת מחדל=5)

-ס: מקדם קנה מידה עבור הרשת המשמשת לרשת (ברירת מחדל=1.0)

-גמ ': אחסן תמונות תבנית GRAPPA

-ip: ארגומנטים של שורת הפקודה לעיבוד נוסף של תמונות סופיות (ברירת מחדל=ללא)

-j: מספר עבודות במקביל (שרשורים) ב-reco (ברירת מחדל=24)

-kg1d: פונקציית ליבה עבור רשת 1d k-space (Options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=Gauss(0.36169))

-kg2d: פונקציית ליבה עבור רשת 2d k-space (Options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , ברירת מחדל=Gauss(0.36169))

-ח: שחזור חור המנעול, למשל עבור PROPELLER

-ק: אחסן נתוני k-space

-kw1d: רוחב ליבה עבור רשת 1d k-space [Pixel] (ברירת מחדל=4.24264Pixel)

-kw2d: רוחב ליבה עבור רשת 2d k-space [Pixel] (ברירת מחדל=3.0Pixel)

-mf: מספר מרבי של תדרים עבור שחזור רב-תדרים (ברירת מחדל=256)

-מנ: בהקרנה של חלון הזזה בעוצמה מרבית, השתמש במספר זה של שכנים בכל אחד
כיוון (ברירת מחדל=4)

-אדון: רקורסיה מקסימלית של שחזור בעת המתנה לנתוני לוח, אפס אומר לא
רקורסיה (ברירת מחדל=100)

-o: קידומת של קבצי פלט (ברירת מחדל=./image)

-מחשב: שלב שלב של ערוצים באמצעות תיקון פאזה

-פ: מעריך לשקלול גודל בעת חישוב השלב המשולב של כל הערוצים
(ברירת מחדל=0.0)

-pf: שם הקובץ של FIFO (בשם צינור) שממנו ניתן להשיג את הנתונים הגולמיים

-פּוֹפּ: מתכון לעיבוד שלאחר נפח תלת מימד לאחר שילוב ערוצים (ברירת מחדל=null)

-prp: מתכון לעיבוד שלאחר נפח תלת מימד לפני שילוב ערוצים (ברירת מחדל=null)

-פט: שלב ואחסן את מסלול זמן השלב מכל הערוצים

-pz: נתונים גולמיים חסרים בפד (של מדידה מופרעת) עם אפסים

-ש: בקרת איכות: בדוק אם יש עליות בנתונים

-מחקר ופיתוח: לא לשחזר את נתוני האות והפרוטוקול שלהם לקבצים עם קידומת זו
תמונות

-rf: קרא את מתכון reco (פריסת צינור) מקובץ זה

-rp: מתכון Reco (פריסת צינור)

-s: בחר טווחי מידות מסוימים (רשימה מופרדת ברווחים של 'dim=selection', למשל
פרוסה=3)

-sc: אחסן תמונות מערוצים בנפרד במקום לשלב אותן

-sp: שלב אחסן בנוסף לגודל

-שוו: שחזור חלון הזזה, למשל עבור ספירלה/פרופלר

-t1f: השתמש בסוג זה של התאמה T1, יכול להיות אחד של 'פשוט', 'גודל' (ברירת מחדל=פשוט)

-t1l: רמה ביחס לערך הממוצע של ההד הראשון להגדרת מסכת התאמת T1 (ברירת מחדל=0.50)

-1 מ ': גבול עליון להתאמה T1 [ms] (ברירת מחדל=3000.0ms)

-כדי: פסק זמן לשחזור בשניות, 0=אינסופי (ברירת מחדל=0)

סוג: סוג ייצוג תמונה (אפשרויות=צף אוטומטי כפול s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , ברירת מחדל=אוטומטי)

-דיאלקט: כתוב נתונים באמצעות ניב נתון של הפורמט. (ברירת המחדל היא ללא דיאלקט)

-wp: אחסן את הפרוטוקול בנפרד לקובץ זה.

-zp: גודל מינימלי של התמונה הסופית בכיוון השלב שהושג אפס מילוי (ברירת מחדל=0)

-זר: גודל מינימלי של התמונה הסופית בכיוון הקריאה שהושג אפס מילוי (ברירת מחדל=0)

-זס: גודל מינימלי של התמונה הסופית בכיוון הפרוסה שהושג אפס מילוי (ברירת מחדל=0)

-v אוֹ עבור איתור באגים/מעקב אחר כל הרכיבים או יחיד
רכיב, בהתאמה. ערכים אפשריים עבור loglevel הם: 0(noLog), 1(errorLog),
2(warningLog), 3(infoLog).

-h, - עזרה, עזרה, --גִרְסָה : הדפס טקסט עזרה או מידע גרסה

השתמש ב-odinreco באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net