זוהי הפקודה pacoxph שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
pacoxph - בצע אנליזת אסוציאציה רחבה של גנום באמצעות מודל הסיכונים הפרופורציונליים של Cox
תַקצִיר
pacoxph [ שורת הפקודה אפשרויות ]
תיאור
pacoxph מפעיל רגרסיה ליניארית על מערכי נתונים זקופים גדולים בצורה יעילה.
אפשרויות
דרוש הפקודה קו אפשרויות
-פ, --פנו קובץ
קרא נתוני פנוטיפ מ קובץ
-אני, - מידע קובץ
קרא מידע SNP מ קובץ (למשל קובץ MLINFO).
-ד, --מָנָה קובץ
שם הקובץ של מנבא SNP (למשל MLDOSE/MLPROB).
אופציונלי הפקודה קו אפשרויות
-M, --מַפָּה קובץ
שם קובץ מפה, המכיל מיקומי זוג בסיסיים עבור כל SNP.
-נ, --נידס מספר
מספר האנשים לנתח.
-ג, --כרום קובץ
כרומוזום (שיועבר לפלט).
-או, --הַחוּצָה קובץ
שם קובץ הפלט (ברירת המחדל היא regression.out.txt ).
-ס, --דילג מספר
כמה עמודות לדלג בקובץ המנבא (מנה/הסתברות) (ברירת המחדל היא 2).
-ט, -- תכונות מספר
כמה תכונות מנותחות (ברירת המחדל היא 2).
-ג, --ngpreds מספר
כמה עמודות מנבא לכל סמן (ברירת מחדל 1 = MLDOSE; אחרת השתמש ב-2 עבור MLPROB).
-א, --להפריד קובץ
תו להפרדת שדות (ברירת המחדל היא רווח).
-ר, --ציון
השתמש במבחן הציון.
, --אין ראש
אל תדווח על שורת כותרת בפלט.
-l --allcov
דווח על הערכות עבור כל המשתנים המשתנים (תפוקות גדולות!).
-ב, --אינטראקציה
באיזה משתני משנה להשתמש לאינטראקציה עם ניתוח SNP (ברירת המחדל היא לא
אינטראקציה, 0).
-ק, --אינטראקציה_בלבד
כמו --אינטראקציה אך ללא משתנים משתנים הפועלים באינטראקציה עם SNP (ברירת המחדל היא
ללא אינטראקציה, 0).
- עזרה הדפס עזרה.
השתמש ב-pacoxph באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
