proda - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

proda - יישור מרובה של רצפי חלבון עם חזרות וסידורים מחדש

תַקצִיר

פרודה [אוֹפְּצִיָה] [mfafile] [> תפוקה]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה את פרודה פקודה.

פרודה (Protein Domain Aligner) היא תוכנה בנחלת הכלל ליצירת מרובים
יישור של רצפי חלבון עם חזרות וסידורים מחדש, למשל חלבונים עם
מספר דומיינים.

בהינתן קבוצה של רצפי חלבון כקלט, ProDA מוצא תחילה יישורים זוגיים מקומיים
בין כל זוגות הרצפים, ואז יוצר בלוקים של קטעי רצף שניתנים ליישור, ו
לבסוף מייצר יישורים מרובים של הבלוקים. ProDA מסתמך על טכניקות רבות בשימוש
in probcons (<http://probcons.stanford.edu>), יישור מרובה עדכני שמציג גבוה
דיוק במספר אמות מידה פופולריות.

קלט פורמט

פרודה מקבלת קבצי קלט בפורמט MFA. פורמט MFA מצוין להלן:

· פורמט MFA מורכב מרצפים מרובים;

· כל רצף בפורמט MFA מתחיל בתיאור בשורה אחת, ואחריו
שורות של נתוני רצף;

· שורת התיאור נבדלת מנתוני הרצף על ידי גדול מ-(">")
סמל בעמודה הראשונה.

תפוקה פורמט

עבור קבוצה של רצפי קלט, פרודה מוציאה בדרך כלל מספר בלוקים בתורם, כל אחד מהם מורכב
של קטעי רצף ניתנים ליישור. כל בלוק מלווה ביישור המרובה שלו.

בלוק מצוין על ידי רישום קטעי הרצף שלו. כל קטע מופק בשם
sequence_name(start-end), כאשר sequence_name הוא השם של הרצף המקורי ו
התחלה וסוף הם עמדות שבהן השבר מתחיל ונגמר בהתאמה.

פרודה מייצרת יישור בלוקים בפורמט ClustalW (ALN) המתואר להלן:

· פורמט ClustalW מורכב משורת כותרת אחת ואחריה נתוני רצף ב
בלוקים של 50 עמדות יישור;

· כל בלוק מורכב מ:

· שורה אחת של נתונים עבור כל אחד מהרצפים ביישור - בפרט, ה
שם הרצף;

· 50 תווים של היישור;

· שורת ביאור אחת המציינת שמור לחלוטין (*), שמור מאוד (:), או
עמודות שנשמרו בצורה חלשה (.);

· שורת התיאור נבדלת מנתוני הרצף על ידי גדול מ-(">")
סמל בעמודה הראשונה.

פאסטה פוּרמָט ל תפוקה
אם מצוינת האפשרות -fasta, אז בנוסף לפלט הרגיל, ProDA מייצרת א
קובץ המכיל יישור בלוקים בפורמט FASTA. לקובץ הפלט יש אותו שם כמו
קובץ הקלט הראשון והסיומת ".fasta". שני יישורי בלוק עוקבים הם
מופרדים בשורה המכילה תו '#'.

פורמט FASTA מתואר להלן:

· פורמט FASTA מורכב מכל הרצפים הניתנים בקבצי הקלט;

· כל רצף בפורמט FASTA מתחיל בתיאור בשורה אחת, ואחריו
שורות של נתוני רצף;

· שורת התיאור נבדלת מנתוני הרצף על ידי גדול מ-(">")
סמל בעמודה הראשונה;

· שאריות מיושרות הן באותיות גדולות, שאריות לא מיושרות הן באותיות קטנות.

מכיוון שיישור סופי מכיל כל רצף פעם אחת בלבד, יש להשתמש באפשרות זו בלבד
אם רצפי קלט אינם מכילים חזרות.

אפשרויות

-L [min_length]

הגדר אורך יישור מינימלי שווה ל-[min_length].

ProDA מוצא יישורים באורך הגדול או שווה לסף L. By
ברירת מחדל, L = 30. אפשרות זו מגדירה את הסף ל-[min_length].

-אֲחוֹרִי

השתמש בפענוח אחורי בעת חישוב יישורים זוגיים מקומיים.

ProDA מחשבת יישור זוגי מקומי בין שני רצפים באמצעות צמד-HMM
וגם פענוח ויטרבי או פענוח אחורי. אפשרות ברירת המחדל היא באמצעות
פענוח ויטרבי שהוא מהיר יותר מפענוח אחורי אך עשוי להיות פחות מדויק.
הפעלת אפשרות זו מורה למיישר להשתמש בפענוח אחורי במקום זאת. ב
בדוגמה שלמעלה, הפלט נוצר כאשר האפשרות -posterior מופעלת.

-שקט

אל תדווח על התקדמות בזמן היישור.

הפעלת אפשרות זו מורה למיישר לא לדווח על ההתקדמות תוך כדי
יישור. כברירת מחדל, ProDA מדווחת על ההתקדמות בכל היישורים הזוגיים, בלוק
דור, ועל יישור בלוקים. מאז כמה שלבים של האלגוריתם, במיוחד
יישור זוגי, עשוי להימשך זמן רב, דיווח על התקדמות גורם לתוכנית להיראות
חי תוך כדי ריצה.

-טראן

השתמש בטרנזיטיביות בעת יצירת בלוקים של שברי רצף ניתנים ליישור.

שני שברי רצף ניתנים ליישור ישיר אם הם חלקים של מקומי
יישור זוגי. כברירת מחדל, שני קטעים נחשבים לניתנים ליישור אם ורק
אם הם ניתנים ליישור ישיר. הפעלת אפשרות זו מורה על המיישר
שקול שני שברים ניתנים ליישור כאשר הם ניתנים ליישור ישיר או כאשר שניהם
ניתן ליישר אותם ישירות לשבר שלישי.

-פסטה

השתמש בפורמט פלט FASTA בנוסף לפורמט ClustalW.

כאשר אפשרות זו מופעלת, המיישר יוצר פלט בפורמט FASTA
ומאחסן בקובץ באותו שם כמו קובץ הקלט והסיומת הראשונים
".fasta", בנוסף לפלט הרגיל ל-stdout. יש להשתמש באפשרות זו
רק אם רצפי קלט אינם מכילים חזרות.

השתמש ב-proda באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net