זוהי הפקודה Psequin שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
Psequin - שלח רצפים ל-Genbank, EMBL ו-DDBJ
תַקצִיר
פסים [-b] [-בסה] [-e] [-f שם הקובץ] [-gc] [-h] [-oldaln] [-oldasn] [-oldgph] [-oldseq]
[-oldsource] [-s] [-w] [-x]
תיאור
פסים היא תוכנית שנועדה לסייע בהגשת רצפים ל-GenBank, EMBL,
ומסדי נתונים של רצף DDBJ. זה נכתב במרכז הלאומי לביוטכנולוגיה
מידע, חלק מהספרייה הלאומית לרפואה במכונים הלאומיים של
בְּרִיאוּת.
פסים יכול להרכיב את המרכיבים החיוניים של רשומת GenBank מפורמט פשוט של FASTA
קבצי טקסט. לדוגמה, התוכנית משיגה את הקוד הגנטי המתאים מאורגניזם
שם, וקובע אוטומטית מרווחי אזורי קידוד על ידי תרגום אחורי מה-
רצף חלבונים. חלון עזרה מקוון גולל למקום המתאים כמשתמש
עובר בין ובתוך טפסי הזנת נתונים, תוך מתן פרטים רלוונטיים על מהו מידע
צפוי.
פסים מכיל גם מספר פונקציות אימות מובנות להבטחת איכות.
תכונות כגון אתרי splice ותרגומי אזור קידוד נבדקות לגבי דיוק או
עקביות פנימית. לחיצה כפולה על הודעת שגיאה מפעילה עורך מתאים
באמצעותו המשתמש יכול לתקן כל בעיה.
פסים מספק תצוגות חיות וניתנות ללחיצה של הנתונים במגוון פורמטים, כולל א
טופס דיווח, קובץ שטוח של GenBank, קובץ שטוח EMBL ותצוגה גרפית. לחיצה כפולה על an
פריט בכל אחד מהפורמטים האלה מפעיל עורך עבור אותו פריט. העורך מסוגל
שמירה על מיקומי טבלת תכונות נכונים בזמן עריכת הרצף הבסיסי. זה יכול
להציג תכונות ברצף במהלך העריכה, ולאפשר מרווחי תכונה להיות
מותאם על ידי מניפולציה ישירה.
אפשרויות
-b מצב Bioseq-set
-בסה מצב binseqentry
-e מצב אנטרז
-f שם הקובץ
לקרוא מתוך שם הקובץ
-gc מצב מרכז הגנום
-h לכבות את העזרה האוטומטית
-oldaln
השתמש בקורא יישור ישן
-oldasn
השאר כמו ASN.1 הישן
-oldgph
השתמש בתצוגה גרפית ישנה
-oldseq
השתמש בתצוגת רצף ישנה
-oldsource
השתמש בפורמט מקור ישן של קובץ שטוח
-s מצב כלי משנה
-w מצב שולחן עבודה
-x לקרוא מקלט רגיל
השתמש ב-Psequin באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
