ריי - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

ריי - מרכיבים גנומים במקביל באמצעות ממשק העברת ההודעות

תַקצִיר

mpiexec -n NUMBER_OF_RANKS ריי -k KMERLENGTH -p l1_1.fastq l1_2.fastq -p l2_1.fastq
l2_2.fastq -o מבחן

mpiexec -n NUMBER_OF_RANKS Ray Ray.conf # עם פקודות בקובץ

תיאור:

מרכיב הגנום של Ray בנוי על גבי ה-RayPlatform, תוסף גנרי מבוסס
מנוע מחשוב מבוזר ומקביל המשתמש בממשק העברת הודעות עבור
העברת הודעות.

ריי מתמקד במספר יישומים:

- הרכבת גנום דה נובו (עם ריי וניל) - הרכבת מטא-גנום דה נובו (עם
Ray Meta) - הרכבת תעתיק דה נובו (עובד, אבל לא נבדק הרבה) -
כימות של שפע של contig - כימות של קונסורציית מיקרוביום
חברים (עם Ray Communities) - כימות של ביטוי תמליל - טקסונומיה
פרופיל דגימות (עם Ray Communities) - פרופיל גנים אונטולוגי של דגימות
(עם Ray Ontologies)

עזרה

מציג דף עזרה זה.

-הפך

מציג גרסת Ray ואפשרויות הידור.

שימוש בקובץ תצורה

ניתן להפעיל את Ray עם mpiexec -n 16 Ray Ray.conf קובץ התצורה יכול
כלול הערות (החל ב-#).

אורך ק-מר

-k kmerLength

בוחר את אורך ה-k-mers. ערך ברירת המחדל הוא 21. הוא חייב להיות מוזר כי
קודקודים בהשלמה הפוכה מאוחסנים יחד. האורך המרבי מוגדר ב
קומפילציה מאת MAXKMERLENGTH k-mers גדולים יותר מנצלים יותר זיכרון.

תשומות

-p leftSequenceFile rightSequenceFile [ממוצע סטיית תקן של מרחק חיצוני]

מספק שני קבצים המכילים קריאות קצה מזווגות. ממוצע OuterDistance ו
סטיית התקן מחושבת אוטומטית אם לא מסופקת.

-i interleavedSequenceFile [ממוצע סטיית מרחק רגילה]

מספק קובץ אחד המכיל קריאות קצה מזווגות. ממוצע חיצוני
ו-StandardDeviation מחושבים אוטומטית אם לא מסופקים.

-s sequenceFile

מספק קובץ המכיל קריאה בקצה יחיד.

יציאות

-o ספריית פלט

מציין את הספרייה עבור הקבצים המופקים. ברירת המחדל היא RayOutput

אפשרויות הרכבה (ברירות המחדל פועלות היטב)

-לבטל-מיחזור

משבית מיחזור קריאה במהלך קריאת ההרכבה ישוחרר ב-3 מקרים: 1.
המרחק לא התאים לזוג 2. הקריאה לא פגשה את בן זוגה 3. ה
אוכלוסיית הספרייה מצביעה על מיקום שגוי, ראה מעבר מוגבל של חזרות
עם רצפים זוגיים. סבסטיאן בויסוורט, אלני גודזארידיס, פרנסואה לוויולט
& ז'אק קורבייל. סדנת לוויין שנתית ראשונה של RECOMB בנושא מקביל מסיבי
רצף, 26-27 במרץ 2011, ונקובר, לפני הספירה, קנדה.

-נטרול-פיגום

משבית את הפיגום.

-אורך-מינימלי-קונטי minimumContigLength

משנה את אורך הקונטיג המינימלי, ברירת המחדל היא 100 נוקלאוטידים

-חלל-צבע

פועל ב-color-space צריך קבצי csfasta. מופעל אוטומטית אם קבצי csfasta
מסופקים.

-שימוש-מקסימום-כיסוי-זרע maximumSeedCoverageDepth

מתעלם מכל זרע עם עומק כיסוי מעל סף זה. ברירת המחדל היא
4294967295.

-שימוש-מינימום-כיסוי-זרעים minimumSeedCoverageDepth

מגדיר את עומק כיסוי הזרעים המינימלי. כל נתיב עם עומק כיסוי נמוך מ
זה יימחק. ברירת המחדל היא 0.

מנוע אחסון מבוזר (כל הערכים הללו הם עבור כל דירוג MPI)

-פריחה-פילטר-סיביות ביטים

מגדיר את מספר הביטים עבור מסנן Bloom ברירת המחדל היא 268435456 סיביות, 0 סיביות
משבית את מסנן Bloom.

-דליי-שולחן-אשיש דליים

מגדיר את המספר הראשוני של דליים. חייב להיות כוח של 2! ערך ברירת מחדל:
268435456

-האש-טבלת-דליים-לכל-קבוצה דליים

מגדיר את מספר הדליים לקבוצה עבור אחסון דליל ערך ברירת מחדל: 64, חייב להיות
בין >=1 ל-<= 64

-סף-טבלת-hash-load-factor סף

מגדיר את סף מקדם העומס לשינוי גודל בזמן אמת ערך ברירת מחדל: 0.75, חייב להיות
>= 0.5 ו<1

-האש-טבלה-רב-רב

מפעיל מילוליות עבור מנוע האחסון המבוזר

שפע ביולוגי

-לחפש SearchDirectory

מספק ספרייה המכילה קבצי fasta לחיפוש בגרף de Bruijn.
שפע ביולוגי ייכתב ל-RayOutput/BiologicalAbundances See
Documentation/BiologicalAbundances.txt

-צבע אחד לכל קובץ

מגדיר צבע אחד לכל קובץ במקום אחד בכל רצף. כברירת מחדל, כל רצף ב
לכל קובץ יש צבע שונה. עבור קבצים עם מספר גדול של רצפים, באמצעות
צבע אחד לקובץ עשוי להיות יעיל יותר.

פרופיל טקסונומי עם גרפים צבעוניים של דה Bruijn

-עם-טקסונומיה Genome-to-Taxon.tsv TreeOfLife-Edges.tsv Taxon-Names.tsv

מספק טקסונומיה. מחשב וכותב פרופילים טקסונומיים מפורטים. לִרְאוֹת
Documentation/Taxonomy.txt לפרטים.

-גנים-אונטולוגיה OntologyTerms.txt
Annotations.txt

מספק אונטולוגיה והערות. OntologyTerms.txt מובא מ
http://geneontology.org Annotations.txt הוא קובץ בן 2 עמודות (EMBL_CDS ידית &
מזהה אונטולוגי של גנים) ראה Documentation/GeneOntology.txt

תפוקות אחרות

-לאפשר-שכונות

מחשב שכונות קונטיג בקובץ הפלט של גרף דה Bruijn:
RayOutput/NeighbourhoodRelations.txt

-אמוס

כותב את קובץ AMOS בשם RayOutput/AMOS.afg קובץ AMOS מכיל עמדות קריאה
על contigs. ניתן לפתיחה עם תוכנה עם ממשק משתמש גרפי.

-כתוב-kmers

כותב גרף k-mer ל-RayOutput/kmers.txt הקובץ המתקבל אינו מנוצל על ידי
קֶרֶן. הקובץ המתקבל גדול מאוד.

-כתוב-קריאה-סמנים

כותב סמני קריאה לדיסק.

-כתוב-זרעים

כותב רצפי DNA זרעים ל-RayOutput/Rank.RaySeeds.fasta

-כתוב-הרחבות

כותב רצפי DNA של הרחבה ל-RayOutput/Rank.RayExtensions.fasta

-כתוב-contig-paths

כותב נתיבי contig עם ערכי כיסוי ל-RayOutput/Rank.RayContigPaths.txt

-כתוב-סמן-סיכום

כותב סטטיסטיקות סמנים.

שימוש בזיכרון

-הצג-שימוש בזיכרון

מראה שימוש בזיכרון. הנתונים מובאים מ / proc ב-GNU/Linux צריך __linux__

-הצג-הקצאות-זיכרון

מציג אירועי הקצאת זיכרון

מילוליות אלגוריתם

-הצג-הרחבה-בחירה

מציג את הבחירה שנעשתה (עם אפשרויות אחרות) במהלך ההרחבה.

-הצג-סיום-הקשר

מציג את הקשר הסיום של כל הרחבה. מראה לילדי הקודקוד היכן
הארכה הייתה קשה מדי.

-הצג-מרחק-סיכום

מציג סיכום של מרחקים חיצוניים המשמשים עבור נתיב הרחבה.

-להראות-קונצנזוס

מראה את הקונצנזוס כאשר בחירה נעשית.

נקודת ביקורת

-מחסומים לכתוב checkpointDirectory

כתוב קבצי מחסום

-מחסומים לקרוא checkpointDirectory

קרא קבצי מחסום

-קריאה-כתיבה-מחסום checkpointDirectory

קריאה וכתיבה של קבצי מחסום

ניתוב הודעות עבור מספר רב של ליבות

-מסלול-הודעות

מפעיל את נתב הודעות Ray. מושבת כברירת מחדל. ההודעות ינותבו
בהתאם, כך שכל דרגה יכולה לתקשר ישירות רק עם כמה אחרים.
ללא -מסלול-הודעות, כל דרגה יכולה לתקשר ישירות עם כל דרגה אחרת.
קבצים שנוצרו: Routing/Connections.txt, Routing/Routes.txt ו
ניתוב/RelayEvents.txt ו-Roting/Summary.txt

-סוג חיבור סוג

מגדיר את סוג החיבור למסלולים. הערכים המקובלים הם debruijn, hypercube,
פוליטופ, קבוצה, אקראי, קאוץ והשלם. ברירת המחדל היא debruijn.

debruijn: גרף מלא של דה Bruijn של אלפבית נתון וקוטר היפרקובייה: א
היפרקוביה, האלפבית הוא {0,1} והקודקודים הם בחזקת 2 פוליטופ: קמור
פוליטופ רגיל, האלפבית הוא {0,1,...,B-1} והקודקודים הם חזקה של קבוצת B:
מודל מטופש שבו נציג אחד לכל קבוצה יכול לתקשר עם זרים
אקראי: Erdos-Renyi model kautz: גרף דה קאוץ מלא, שהוא תת גרף של דה
גרף Bruijn שלם: גרף מלא עם כל החיבורים האפשריים

עם הסוג debruijn, מספר הדרגות חייב להיות כוח של משהו.
דוגמאות: 256 = 16*16, 512=8*8*8, 49=7*7 וכן הלאה. אחרת, אל תשתמש ב-debruijn
ניתוב אבל השתמש באחד אחר עם הסוג kautz, מספר הדרגות n חייב להיות
n=(k+1)*k^(d-1) עבור כמה k ו-d

-ניתוב-גרף-דרגה תוֹאַר

מציין את דרגת היציאה עבור גרף הניתוב. ראה Documentation/Routing.txt

בדיקת חומרה

-בדיקה-רשת בלבד

בודק את הרשת ומחזיר.

-write-network-test-raw-data

כותב קובץ אחד נוסף לכל דרגה המפרט את מבחן הרשת.

-החלפות NumberOfExchanges

מגדיר את מספר ההחלפות

-נטרול-מבחן-רשת

דילוג על מבחן הרשת.

Debugging

-אמת-הודעה-שלמות

בודק את מהימנות נתוני ההודעה עבור כל הודעה שאינה ריקה. הוסף '-D CONFIG_SSE_4_2'
בקובץ Makefile לשימוש בחומרה (SSE 4.2)

-רוץ-פרופיל

מפעיל את הפרופילים בזמן שהקוד פועל. כברירת מחדל, הצג רק אזהרות פירוט.
הפעלת הפרופיל מגדילה את זמני הריצה.

-עם-פרטי-פרופיל

מציג את מספר ההודעות שנשלחו והתקבלו בכל אחת מהשיטות במהלך כל זמן
פרוסות (תקופות). צרכי -רוץ-פרופיל.

-הצג-תקשורת-אירועים

מציג את כל ההודעות שנשלחו והתקבלו.

-הצג-קריאה-מיקום

מציג את מיקום הקריאה בגרף במהלך ההרחבה.

-באגים-בועות

מנפה באגים בקוד בועה. בועות יכולות לנבוע מאתרים הטרוזיגוטיים או שגיאות רצף
או אירועים אחרים (לא ידועים).

-דיבג-זרעים

מנפה באגים בקוד ה-Seed. זרעים הם נתיבים בגרף שהם כנראה ייחודיים.

-debug-fusions

מנפה באגים בקוד היתוך.

-debug-scaffolder

איתור באגים בפיגום.

קבצים

קבצי קלט

הערה: פורמט הקובץ נקבע עם סיומת הקובץ.

.fasta .fasta.gz (צריך HAVE_LIBZ=y בהידור) .fasta.bz2 (צריך HAVE_LIBBZ2=y
בהידור) .fastq .fastq.gz (צריך HAVE_LIBZ=y בהידור) .fastq.bz2
(צריך HAVE_LIBBZ2=y בהידור) .sff (יש לחלץ ידנית קריאות זוגיות)
‎.csfasta (קריאת מרחב צבע)

קבצים שהוצאו

פיגומים

RayOutput/Scaffolds.fasta

רצפי הפיגומים בפורמט FASTA

RayOutput/ScaffoldComponents.txt

המרכיבים של כל פיגום

RayOutput/ScaffoldLengths.txt

אורך כל פיגום

RayOutput/ScaffoldLinks.txt

קישורי פיגום

Contigs

RayOutput/Contigs.fasta

רצפים רציפים בפורמט FASTA

RayOutput/ContigLengths.txt

האורכים של רצפים רציפים

<br> סיכום

RayOutput/OutputNumbers.txt

מספרים כלליים עבור ההרכבה

גרף de Bruijn

RayOutput/CoverageDistribution.txt

התפלגות ערכי הכיסוי

RayOutput/CoverageDistributionAnalysis.txt

ניתוח התפלגות הכיסוי

RayOutput/degreeDistribution.txt

חלוקת התארים הנכנסים והיוצאים

RayOutput/kmers.txt

גרף k-mer, אפשרות נדרשת: -כתוב-kmers

הקובץ המתקבל אינו מנוצל על ידי ריי. הקובץ המתקבל גדול מאוד.

שלבי הרכבה

RayOutput/SeedLengthDistribution.txt

התפלגות אורך הזרע

RayOutput/Rank.OptimalReadMarkers.txt

קרא סמנים.

RayOutput/Rank.RaySeeds.fasta

רצפי DNA זרע, אפשרות נדרשת: -כתוב-זרעים

RayOutput/Rank.RayExtensions.fasta

הרחבת רצפי DNA, אפשרות נדרשת: -כתוב-הרחבות

RayOutput/Rank.RayContigPaths.txt

נתיבים צפופים עם ערכי כיסוי, אפשרות נדרשת: -כתוב-contig-paths

קריאות זוגיות

RayOutput/LibraryStatistics.txt

אומדן מרחקים חיצוניים לקריאה זוגית

RayOutput/Library.txt

תדרים למרחקים חיצוניים שנצפו (גודל הוספה + אורכי קריאה)

חלוקה

RayOutput/NumberOfSequences.txt

מספר קריאות בכל קובץ

RayOutput/SequencePartition.txt

מחיצת רצף

תוכנת ריי

RayOutput/RayVersion.txt

הגרסה של ריי

RayOutput/RayCommand.txt

אותה פקודה בדיוק מסופקת

AMOS

RayOutput/AMOS.afg

ייצוג הרכבה בפורמט AMOS, אפשרות נדרשת: -אמוס

תקשורת

RayOutput/MessagePassingInterface.txt

מספר ההודעות שנשלחו

RayOutput/NetworkTest.txt

השהיות במיקרו-שניות

RayOutput/RankNetworkTestData.txt

נתונים גולמיים של בדיקת רשת

תיעוד

- mpiexec -n קרן 1 עזרה|פחות (תמיד מעודכן) - דף עזרה זה (תמיד
מעודכן) - הספרייה תיעוד/ - ידני (פורמט מסמך נייד):
InstructionManual.tex (בתיעוד) - ארכיון רשימת תפוצה:
http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?forum_name=denovoassembler-users

AUTHOR

נכתב על ידי סבסטיאן בואיברט.

דיווח על באגים

דווח על באגים ל denovoassembler-users@lists.sourceforge.net דף הבית:
<http://denovoassembler.sourceforge.net/>

זכויות יוצרים

תוכנית זו היא תוכנה חופשית: אתה יכול להפיץ אותה מחדש ו/או לשנות אותה תחת
תנאי הרישיון הציבורי הכללי של GNU כפי שפורסמו על ידי התוכנה החופשית
Foundation, גרסה 3 של הרישיון.

תוכנית זו מופצת בתקווה שהיא תהיה שימושית, אך ללא כל
אַחֲרָיוּת; אפילו ללא האחריות המשתמעת של סחירות או התאמה ל-A
מטרה מסוימת. ראה את הרישיון הציבורי הכללי של GNU לפרטים נוספים.

קיבלת עותק של הרישיון הציבורי הכללי של GNU יחד עם תוכנית זו
(ראה רישיון).

ריי 2.1.0

רישיון לריי: רישיון כללי של GNU גרסה 3 גירסת RayPlatform: רישיון 1.1.0
עבור RayPlatform: GNU Lesser General Public License גרסה 3

MAXKMERLENGTH: 32 KMER_U64_ARRAY_SIZE: 1 עומק כיסוי מקסימלי מאוחסן על ידי CoverageDepth:
4294967295 MAXIMUM_MESSAGE_SIZE_IN_BYTES: 4000 בתים FORCE_PACKING = n ASSERT = n
HAVE_LIBZ = y HAVE_LIBBZ2 = y CONFIG_PROFILER_COLLECT = n CONFIG_CLOCK_GETTIME = n
__linux__ = y _MSC_VER = n __GNUC__ = y RAY_32_BITS = n RAY_64_BITS = y MPI
גרסה: MPI 2.1 ספריית MPI: Open-MPI 1.4.2 מהדר: GNU gcc/g++ 4.4.5

השתמש ב-Ray באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net