run_gubbins - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

run_gubbins - ניתוח פילוגנטי של רצפי גנום

תַקצִיר

run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--גרסה] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] שם קובץ יישור

תיאור

Gubbins תומך בניתוח פילוגנטי מהיר של דגימות גדולות של חיידקים רקומביננטיים
רצפי גנום שלם.

Gubbins (גנאלוגיות ללא משוא פנים על ידי recomBinations In Sequences Nucleotide) הוא אלגוריתם
שמזהה באופן איטרטיבי לוקוסים המכילים צפיפות מוגברת של החלפות בסיס בעוד
במקביל בניית פילוגניה המבוססת על מוטציות הנקודה המשוערות מחוץ ל
אזורים אלה. סימולציות מדגימות שהאלגוריתם יוצר מדויק ביותר
שחזורים תחת מודלים מציאותיים של אבולוציה חיידקית קצרת טווח, וניתן להפעיל אותם
תוך שעות ספורות בלבד על יישור של מאות רצפי גנום חיידקים.

אפשרויות

מקומי טיעונים:
alignment_filename
קובץ יישור Multifasta

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

--קבוצה חיצונית קבוצת חוץ, -o קבוצת חוץ
שם קבוצת חוץ עבור שורש מחדש. ניתן להשתמש ברשימה של שמות מופרדים בפסיקים אם הם
יוצרים קליד

--עץ_ההתחלה STARTING_TREE, -s STARTING_TREE
עץ מתחיל

--use_time_stamp, -u
השתמש בחותמת זמן בשמות הקבצים

--מִלוּלִי, -v
הפעל איתור באגים

--לא_ניקוי, -n
אל תנקה קבצי ביניים

--בונה_עצים TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
יישום לשימוש לבניית עץ [raxml|fasttree|hybrid], ברירת מחדל RAxML

--איטרציות איטרציות, -i איטרציות
מספר איטרציות מקסימלי, ברירת המחדל היא 5

--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
SNPs מינימלי לזיהוי בלוק ריקומבינציה, ברירת המחדל היא 3

--filter_procent FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
סנן מסים עם יותר מאחוז פערים זה, ברירת המחדל היא 25

-קידומת PREFIX, -p PREFIX
הוסף קידומת לשמות קבצי הפלט הסופיים

--חוטים שרשורים, -c חוטים
מספר השרשורים להרצה עם RAXML, אך רק אם זמינה גרסת PTHREADS

--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
קריטריונים לשימוש כדי לדעת מתי לעצור איטרציות [שקול
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|recombination]

--גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה של התוכנית וצא

--מיני_חלון_גודל MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
גודל חלון מינימלי, ברירת מחדל 100

--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
גודל חלון מקסימלי, ברירת מחדל 10000

השתמש ב-run_gubbins באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net