זהו הפקודה sak שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
sak - חיתוך וחיתוך של קבצי FASTA/FASTQ..
תַקצִיר
sak [אפשרויות] [\B-o OUT.{fa,fq}] IN.{fa,fq}
תיאור
"זה פורס, זה חותך לקוביות וזה עושה את הכביסה!"
שכתוב של הכלי SAK המקורי מאת מנואל הולטגרווה.
-h, - עזרה
מציג הודעת עזרה זו.
--גִרְסָה
הצגת מידע על גרסה
אפשרויות פלט:
-o, --שביל מחוץ FASTX
נתיב לקובץ שהתקבל. אם מושמט, התוצאה מודפסת ל-stdout. השתמש בקבצים
המסתיים ב-.fq או . לכתוב FASTQ. סוגי קבצים חוקיים הם: .fq, .fastq, .fa,
.fasta, .faa, .ffn, .fna ו-.frn.
-, --revcomp
פלט משלים הפוך.
-l, --אורך מקסימלי רק
מספר מקסימלי של תווי רצף לכתיבה.
אפשרויות סינון:
-s, --סדר פעולות NUM
בחר את הרצף הנתון לחילוץ לפי אינדקס מבוסס 0.
-sn, --שם רצף שֵׁם
בחר רצף עם קידומת השם NAME.
-אס, --רצפים טווח
בחר רצפים מ-אל היכן מ-ואל הם מדדים מבוססי 0.
-i, --infix טווח
בחר תווים מ-אל מאיפה ואל הם אינדקסים מבוססי 0.
-ll, --אורך שורה רק
הגדר את אורך השורה בקובץ הפלט. ראה סעיף אורך קו לפרטים. בטווח
[-1..inf].
אורך קו
אתה יכול להשתמש בהגדרה --אורך שורה להגדרת אורך השורה המתקבלת. על ידי
ברירת מחדל, רצפים בקבצי FASTA נכתבים עם לכל היותר 70 תווים בשורה
ורצפים בקבצי FASTQ נכתבים ללא מעברי שורה. האיכות
רצף בקובץ FASTQ נכתב באותו אופן כמו רצף השאריות.
ברירת המחדל נבחרת עם א --אורך שורה ערך של -1 ומעברי שורות יכולים להיות
מושבת עם ערך של 0.
דוגמאות לשימוש
סאק -s 10 IN.fa
גזרו את הרצף ה-11 מ-IN.fa וכתבו ל-stdout בתור FASTA.
סאק -אס 10-12 -אס 100-200 IN.fq
גזרו את הרצף ה-11 עד וכולל 12 ו-101 עד וכולל רצף 199
מ-IN.fq וכתוב ל-stdout כ-FASTA.
גִרְסָה
גרסת sak: 0.2 עדכון אחרון נובמבר 2012
השתמש בסאק באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
