זוהי הפקודה samFilter שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
samFilter - סינון יישור רצף נוקלאוטידים בקבצי SAM
תַקצִיר
samFilter file.sam reference.fasta out.sam [אפשרויות]
אפשרויות
file.sam
קלט קובץ SAM.
reference.fasta
הפניה המשמשת ליצירת קריאות.
out.sam
פלט קובץ SAM.
-minAlnLength ערך
(50) דווח על יישורים רק אם אורכם גדול מ ערך.
-minAlignLength ערך
כינוי של -minAlnLength
-דקה אורך ערך
כינוי של -minAlnLength
-minPctSimilarity ערך
(70) דווח על יישורים רק אם אחוז הדמיון שלהם גדול מ ערך .
-minPctIdentity ערך
כינוי של -minPctSimilarity
-minPctAccuracy ערך
(70) דווח על יישורים רק אם אחוז הדיוק שלהם גדול מ ערך.
-מיני דיוק ערך
כינוי של -minPctAccuracy
-hitPolicy ערך
(אקראי) ציין מדיניות לטיפול במספר התאמות מ-[all, allbest, random,
הכי אקראי, הכי שמאלי]
את כל דווח על כל היישורים.
הכי טוב
דווח על כל יישור הניקוד הגבוה ביותר.
אקראי דווח על יישור אקראי.
הכי אקראי
דווח על יישור אקראי ממספר יישורי ניקוד גבוהים באותה מידה.
השמאלי ביותר
דווח על יישור שיש לו את ציון היישור הטוב ביותר ויש לו את הקטן ביותר
מיפוי קואורדינטות בכל התייחסות.
-ציוןסימן ערך
(-1) האם ציונים גבוהים או נמוכים יותר טובים יותר.
-1 נמוך יותר עדיף
1 גבוה יותר עדיף.
-סcoreCutoff ערך
(INF) דווח על יישורים רק אם הציונים שלהם אינם גרועים מ ערך.
-זֶרַע ערך
(1) זרע עבור מחולל מספרים אקראיים. אם הזרע הוא 0, השתמש בזמן הנוכחי בתור זרע.
-מספרי חור ערך
מחרוזת של טווחי מספרי חורים מופרדים בפסיקים להיטים, כגון '1,2,10-12'.
זה מחייב שכותרות היט יהיו בפורמט כותרת קריאת SMRT.
-smrtTitle
השתמש באפשרות זו בעת סינון יישורים שנוצרו על ידי תוכניות שאינן
blasr(1), למשל bwa-sw או gmap. נתח קואורדינטות קריאה מכותרת הקריאה של SMRT. ה
הכותרת היא בפורמט /שם/חור/קואורדינטות, כאשר הקואורדינטות נמצאות בפורמט
\d+_\d+, ומייצגים את מרווח הקריאה שהיה מיושר.
-titleTable ערך
השתמש באפשרות ניסיונית זו בעת סינון יישורים שנוצרו על ידי blasr(1) עם
-titleTable titleTableName, ובמקרה זה כותרות הפניה ב-SAM מיוצגות
לפי המדדים שלהם (למשל, 0, 1, 2, ...) בטבלת הכותרת.
-מסנן מתאם בלבד ערך
השתמש באפשרות זו כדי להסיר קריאות שיכולות למפות רק למתאמים שצוינו ב-GFF
קובץ.
-v היו מילוליים.
אורים
מכיוון של-SAM יש תגיות אופציונליות בעלות משמעויות שונות בתוכניות שונות, זהירות
נדרש שימוש כדי לקבל פלט תקין. תג "xs" ב-bwa-sw משמש להצגה
הציון הלא אופטימלי, אבל ב- PacBio SAM (blasr(1)) הוא מוגדר כהתחלה בשאילתה
רצף היישור. מתי -smrtTitle מצוין, מתעלמים מתג xs, אבל מתי
זה לא מצוין, הקואורדינטות הניתנות על ידי התגיות xs ו-xe משמשות להגדרת ה-
מרווח קריאה מיושר. מחרוזת CIGAR יחסית למרווח זה.
השתמש ב-samFilter באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
