זוהי הפקודה seqaligne שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
seqalign - הרחבת יישורים (קובץ DAF) עם רצפים (קובץ DHF).
תַקצִיר
seqalign -מצב רשימה -dhfinpath רשימת מטה -דפינפת רשימת מטה -dhfindir בספרייה -מצב רשימה
[-סוג כוח בוליאני] -dafoutdir outdir -קובץ לוג אוסף
seqalign עזרה
תיאור
seqalign היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "חלבון: מבנה תלת מימד".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-מצב רשימה
אפשרות זו מציינת את מצב הפעולה של SEQALIGN. SEQALIGN לוקח כקלט א
ספרייה של I. רצפים בודדים, ii. קבוצה של רצפים (לא מיושרים או מיושרים,
אבל בדרך כלל רצפים מיושרים בתוך קובץ יישור תחום)). המשתמש חייב
לציין איזה. ערך ברירת מחדל: 1
-dhfinpath רשימת מטה
אפשרות זו מציינת את מיקום הרצפים, למשל. קבצי DHF (קבצי התאמה של דומיין)
(קֶלֶט). SEQALIGN לוקח כקלט מסד נתונים של i. רצפים בודדים, ii. סטים של
רצפים לא מיושרים או iii. קבוצות של רצפים מיושרים, למשל. קובץ יישור תחום. א
'קובץ יישור דומיין' מכיל יישור רצף של דומיינים השייכים לאותו
משפחת SCOP או CATH. הקובץ הוא בפורמט אשכול עם ביאור עם משפחת דומיין
מידע סיווג. הקבצים שנוצרו באמצעות SCOPALIGN יכילו א
יישור רצף מבוסס מבנה של תחומים בעלי מבנה ידוע בלבד. יישורים כאלה
ניתן להרחיב עם קרובי רצף (במבנה לא ידוע) באמצעות SEQALIGN.
ערך ברירת מחדל: ./
-דפינפת רשימת מטה
אפשרות זו מציינת את המיקום של רצפים, למשל קבצי DAF (יישור תחום
קבצים) (קלט). SEQALIGN לוקח כקלט מסד נתונים של i. רצפים בודדים, ii.
קבוצות של רצפים לא מיושרים או iii. קבוצות של רצפים מיושרים, למשל יישור תחום
קוֹבֶץ. 'קובץ יישור דומיין' מכיל יישור רצף של דומיינים השייכים אליהם
אותה משפחת SCOP או CATH. הקובץ הוא בפורמט אשכול עם ביאור עם דומיין
מידע על סיווג משפחה. הקבצים שנוצרו באמצעות SCOPALIGN יכילו
יישור רצף מבוסס מבנה של תחומים בעלי מבנה ידוע בלבד. כגון
ניתן להרחיב יישורים עם קרובי רצף (בעל מבנה לא ידוע) על ידי שימוש
SEQALIGN. ערך ברירת מחדל: ./
-dhfindir בספרייה
אפשרות זו מציינת את המיקום של קבצי DHF (קבצי כניסות לתחום) (קלט). 'תחום'
hits file' מכיל התאמות של מסד נתונים (רצפים) עם מידע על סיווג תחום,
בפורמט DHF (דמוי FASTA או EMBL). הלהיטים הם קרובי משפחה ל-SCOP או CATH
משפחה ונמצאים מחיפוש של מסד נתונים של רצף. קבצים המכילים התאמות
שאוחזרו על ידי PSIBLAST נוצרים באמצעות SEQSEARCH. ערך ברירת מחדל: ./
דרוש סעיף
-מצב רשימה
אפשרות זו מציינת באיזה אלגוריתם יישור להשתמש. ערך ברירת מחדל: 1
נוסף סעיף
-סוג כוח בוליאני
אפשרות זו מציינת אם לאלץ נתוני סיווג דומיינים מינימליים
נכתב לקובץ הפלט במקרים שבהם רצפי סינגל ניתנו כקובץ קלט
ולא היו נתוני סיווג זמינים ערך ברירת מחדל: N
תְפוּקָה סעיף
-dafoutdir outdir
אפשרות זו מציינת את המיקום של קבצי DAF (קבצי יישור תחום) (פלט). א
'קובץ יישור דומיין' מכיל יישור רצף של דומיינים השייכים לאותו
משפחת SCOP או CATH. הקובץ הוא בפורמט אשכול עם ביאור עם משפחת דומיין
מידע סיווג. הקבצים שנוצרו באמצעות SCOPALIGN יכילו א
יישור רצף מבוסס מבנה של תחומים בעלי מבנה ידוע בלבד. יישורים כאלה
ניתן להרחיב עם קרובי רצף (במבנה לא ידוע) באמצעות SEQALIGN.
ערך ברירת מחדל: ./
-קובץ לוג אוסף
אפשרות זו מציינת את שם קובץ היומן עבור ה-build. קובץ היומן מכיל
הודעות לגבי שגיאות כלשהן המתעוררות בזמן הפעלת SEQALIGN. ערך ברירת מחדל: seqalign.log
השתמש ב-seqaligne באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
