זוהי הפקודה sim4dbutils שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
sim4dbutils - כלי עזר לעבודה עם קבצי יישור שנוצרו על ידי sim4db
convertPolishes - המר בין פורמטים sim4db ו-GFF3
filterPolishes - יישור סינון המבוסס על זהות רצף, כיסוי ואורך.
mergePolishes - מיזוג יישורים ממספר קבצים
sortPolishes - מיון יישור לפי cDNA או אינדקס רצף גנומי או שם רצף
convertToExtent - המר מפורמט sim4db לפורמט מופרד בשורה אחת
fixPolishesIID - עדכון קובץ sim4db לשימוש באינדקס הרצף של קובץ fasta ספציפי.
ניתן להשתמש גם כדי לחלץ תת-קבוצה של היישורים מקובץ sim4db.
depthOfPolishes - מוציא היסטוגרמה מופרדת בטאבים של עומק הליטושים במגוון
גדלי חלונות.
headPolishes - הדפס את ה-N היישורים הראשונים בקובץ, בדומה ל ראש(1)
pickBestPolish - דווח רק על היישור 'הטוב ביותר' עבור כל cDNA
pickUniquePolish - מדווח על יישורים שבהם יש יישור ברור וטוב ביותר עבור
כל cDNA.
plotCoverageVsIdentity - יוצר (1) היסטוגרמה של אחוז הזהות, (2) a
היסטוגרמה של אחוז הכיסוי, ו-(3) רשימה של אחוז זהות וכיסוי (עבור
שימוש בעלילת פיזור).
uniqPolishes - מסנן את כל היישורים עבור cDNA עם יישורים מרובים (-uniq) או
עם יישור יחיד (-dupl). דומה ל ייחודי(1)
realignPolishes - מחשב מחדש את היישורים הרשומים בקובץ sim4db.
reportAlignmentDifferences - יוצר היסטוגרמה של סוגי השגיאות בסט של
יישורים אינו נתמך ו לא מומלץ לשימוש
comparePolishes - מתאם יישורים בשני קבצים.
convertToAtac - ממיר מפורמט sim4db לפורמט ATAC.
detectChimera - בוחן יישורים עבור רצפים שעשויים להיות כימריים.
mapdCoverage - מדווח על כמות רצף השאילתות (EST, cDNA) שמכוסה על ידי
יישורים.
parseSNP - מנתח יישורים עבור SNPs.
removeDuplicate - מחפש בקלט יישורים כפולים.
vennPolishes - יוצר דיאגרמת Venn עבור קבצי sim4db מרובים. משומש כלפי פנים by
ESTMapper פוליש נקי
לסכם פולנים
תיאור
תוכניות אלה הן מגוון של כלי עזר לעבוד איתם sim4db(1) קבצי יישור שנוצרו.
השתמש ב-sim4dbutils באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
