snap-aligner-index - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

snap-aligner_index - תוכנית יישור נוקלאוטידים ניתנת להרחבה

תַקצִיר

יישור הצמד מדד []

תיאור

ברוכים הבאים לגירסת SNAP 1.0beta.18.

אפשרויות

-s גודל זרע (ברירת מחדל: 20)

-h רפיון טבלת Hash (ברירת מחדל: 0.3)

-hg19 השתמש בהטיית טבלה מחושבת מראש עבור hg19, מה שמביא למהירות טובה יותר, איזון ו-a
אינדקס קטן יותר, אבל עובד רק עבור ההתייחסות האנושית המלאה.

-אופקטור
פרמטר זה הוצא משימוש ויתעלם ממנו.

-tMaxThreads
ציין את המספר המרבי של שרשורים לשימוש. ברירת המחדל היא מספר הליבות.

-B
ציין תווים לשימוש כמסימי שמות כרומוזומים בשורת הכותרת של FASTA;
הדמויות הללו וכל דבר שאחריו אינם חלק משם הכרומוזום. אתה חייב
ציין את כל התווים בסינגל -B החלף. אז, למשל, עם -ב_|, ה
שורת כותרת FASTA '>chr1|כרומוזום 1' תיצור כרומוזום בשם 'chr1'.
יש דגל נפרד המציין שרווח הוא מסיים.

-bSpace
מציין כי תו הרווח הוא מסיים לשמות כרומוזומים (ראה -B
מֵעַל). זה עשוי לשמש בנוסף למסיימים אחרים שצוינו על ידי -B. -B ו
-bSpace הם רגישים לאותיות גדולות.

-pPadding
ציין את מספר ה-Ns שיש לשים כריפוד בין כרומוזומים. זה חייב להיות כמו
גדול כמו מרחק העריכה הגדול ביותר שאי פעם תשתמש בו, ויש ביצועים
יתרון בכך שהוא יהיה גדול יותר מכל קריאה שתעבדו. ברירת המחדל היא 500

-HhistogramFile
בנה היסטוגרמה של פופולריות זרעים. זה רק למידע, לא נעשה בו שימוש
על ידי SNAP.

-מְדוּיָק חישוב גדלי טבלאות גיבוב בדיוק. זה יאט את בניית האינדקס, אבל בדרך כלל
יביא למדדים קטנים יותר.

-גודל מפתח
מספר הבתים לשימוש עבור מפתח טבלת הגיבוב. ערכים גדולים יותר מגדילים את SNAP
טביעת זיכרון, אבל אפשר זרעים גדולים יותר. ברירת מחדל: 4

-גדול בנה אינדקס גדול יותר שהוא קצת יותר מהיר, במיוחד עבור ריצות איתן
פרמטרים מהירים/לא מדויקים. מגדיל את גודל המדד בכ-30%, תלוי ב
פרמטרים אחרים של אינדקס ותוכן הגנום הייחוס

-מיקום גודל
גודל מיקומי הגנום המאוחסנים באינדקס. זה יכול להיות בין 4 ל-8
בתים. המיקומים צריכים להיות גדולים מספיק לא רק כדי לאינדקס את הגנום, אלא גם
כדי לאפשר קצת מקום לייצוג זרעים שמתרחשים מספר פעמים. בשביל ה
הגנום האנושי, הוא יתאים לארבעה מיקומי בתים אם גודל הזרע הוא 19 או
גדול יותר, אבל צריך 5 (או יותר) עבור זרעים קטנים יותר. הגדלת גודל המיקום
מהנדרש פשוט יבזבז (הרבה) מקום, אז אלא אם כן אתה עושה משהו
די יוצא דופן, התשובה הנכונה היא 4 או 5. ברירת המחדל היא 4

-sm השתמש בקובץ זמני כדי לעבוד טוב יותר בזיכרון קטן יותר. זה עוזר רק במעט, אבל
יכול להיות ההבדל אם אתה קרוב. בפרט, זה בדרך כלל ישתמש בפחות
זיכרון ממה שהאינדקס ישתמש ברגע שהוא נבנה, כך שאם זה לא עובד לא תעשה זאת
להיות מסוגל להשתמש באינדקס בכל מקרה. עם זאת, אם יש לך מספיק זיכרון כדי להתחיל
עם, אפשרות זו פשוט תאט את בניית האינדקס על ידי ביצוע IO נוסף וחסר תועלת.

השתמש ב- snap-aligner-index באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net