זוהי הפקודה soapdenovo2 שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
soapdenovo2 - שיטת הרכבה לקריאה קצרה שיכולה לבנות מכלול טיוטה דה נובו
תַקצִיר
soapdenovo_63mer soapdenovo_127mer
מבוא
SOAPdenovo היא שיטת הרכבה חדשה לקריאה קצרה שיכולה לבנות מכלול טיוטה דה נובו
עבור הגנום בגודל אנושי. התוכנית תוכננה במיוחד להרכבת Illumina GA
קריאה קצרה. זה יוצר הזדמנויות חדשות לבניית רצפי התייחסות ונשיאה
להוציא ניתוחים מדויקים של גנומים שלא נחקרו בצורה חסכונית.
1) תמכו בקמר גדול עד 127 כדי להשתמש בקריאה ארוכה. שלוש גרסאות מסופקות.
I. גרסת 31mer תומכת ב-kmer רק <=31.
II. גרסת ה-63mer תומכת ב-kmer רק <=63 ומכפילה את צריכת הזיכרון מאשר
גרסת 31mer, אפילו בשימוש עם kmer <=31.
III. גרסת ה-127mer תומכת ב-kmer רק <=127 ומכפילה את צריכת הזיכרון מאשר
גרסת 63mer, אפילו בשימוש עם kmer <=63.
שימו לב שעם קמר ארוך יותר, כמות הצמתים תפחת משמעותית,
לפיכך, צריכת הזיכרון בדרך כלל קטנה מכפולה עם גרסה מוסטת.
למידע נוסף, עיין במדריך ב- /usr/share/doc/soapdenovo2 או ב- soapdenovo
אתר אינטרנט.
השתמש ב- soapdenovo2 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
