splazers - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

splazers ========

תַקצִיר

ספייסרים [אפשרויות] ספייסרים [אפשרויות]


תיאור

SplazerS משתמש באסטרטגיית מיפוי של סיומת קידומת כדי לפצל רצפי קריאה של מפה. אם SAM
קובץ קריאות ממופה ניתן כקלט, כולם לא ממופים אבל קריאות מעוגנת כן
מפוצל ממופה על אזורי יעד עיגון (ציין אפשרות -א),אם קובץ Fasta/q
של קריאות ניתנות, קריאות ממופות לרצף ההתייחסות השלמה.

(ג) זכויות יוצרים 2010 מאת Anne-Katrin Emde.

-h, - עזרה

מציג הודעת עזרה זו.

--גִרְסָה

הצגת מידע על גרסה

אפשרויות עיקריות::

-o, --תְפוּקָה קובץ

שנה את שם קובץ הפלט. בְּרִירַת מֶחדָל: .תוֹצָאָה.

-f, --קָדִימָה

מחשב רק התאמות קדימה

-r, --לַהֲפוֹך

מחשב רק התאמות משלים הפוך

-i, --אחוז-זהות NUM

אחוז סף זהות. בטווח [50..100]. ברירת מחדל: 92.

-רר, --שיעור ההכרה NUM

הגדר את אחוז הזיהוי בטווח [80..100]. ברירת מחדל: 99.

-pd, --param-dir DIR

קרא קבצי פרמטרים ממוחשבי משתמש בספרייה .

-, --אינדלס

אפשר אינדלס. ברירת מחדל: אי התאמה בלבד.

-ll, --אורך הספרייה NUM

אורך ספריית קצה מזווג. בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 220.

-לה, --שגיאת ספרייה NUM

סובלנות לאורך ספרייה עם קצה זוגי. בטווח [0..inf]. ברירת מחדל: 50.

-m, --מקסימום-להיטים NUM

פלט בלבד מהלהיטים הטובים ביותר. בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 100.

--ייחודי

פלט רק התאמות מיטב ייחודיות (-m 1 -ד"ר 0 -אבא).

-tr, --קצץ-קריאה NUM

חיתוך קריאות לאורך נתון. ברירת מחדל: כבוי. בטווח [14..inf].

-mcl, --min-clipped-len NUM

דקה אורך קריאה לגזיר קריאה בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 0.

-צ'י, --איכות בכותרת

מחרוזת איכותית ב-fasta header

-אתה, --outputUnmapped קובץ

שם קובץ פלט לקריאה לא ממופה

-v, --מִלוּלִי

מצב מילולי

-vv, --רבות

מצב מאוד מילולי

אפשרויות פורמט פלט::

-a, --יישור

זרוק את היישור עבור כל התאמה

-אבא, --טיהור-דו-משמעי

ניקוי קריאות עם יותר ממקסימום ההתאמות הטובות ביותר

-ד"ר, --טווח-מרחק NUM

שקול רק התאמות עם לכל היותר NUM יותר שגיאות בהשוואה לטובות ביותר (ברירת מחדל
פלט הכל)

-שֶׁל, --פורמט פלט NUM

הגדר פורמט פלט. 0 = RazerS, 1 = Fasta משופר, 2 = Eland, 3 = GFF, 4 = SAM. ב
טווח [0..4].

-gn, --שם גנום NUM

בחר כיצד נקראים גנומים. 0 = השתמש במזהה Fasta, 1 = מנה מתחיל ב-1. In
טווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.

-רן, --קרא-שם NUM

בחר כיצד נקראות קריאות. 0 = השתמש במזהה Fasta, 1 = מנה מתחיל ב-1. In
טווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.

-לכן, --סדר המיון NUM

בחר את אופן מיון ההתאמות. 0 = מספר קריאה, 1 = מיקום הגנום. בטווח
[0..1]. ברירת מחדל: 0.

-pf, --פורמט מיקום NUM

בחר מספור מיקום התחלה/סיום (ראה סעיף קואורדינטות להלן). 0 = רווח מרווח,
1 = רווח מיקום. בטווח [0..1]. ברירת מחדל: 0.

אפשרויות מיפוי מפוצלות::

-sm, --מיפוי מפוצל NUM

דקה התאמת אורך למיפוי קידומת/סיומת (כדי להשבית מיפוי מפוצל, הגדר ל-0)
ברירת מחדל: 18.

-maxG, --מקסימום פער NUM

מקסימום אורך הפער האמצעי ברירת מחדל: 10000.

-minG, --מיני-פער NUM

דקה אורך הפער האמצעי (לעריכת מיפוי מרחק בערך 10% מאורך הקריאה הוא
מומלץ) ברירת מחדל: 0.

-אפ, --שגיאות-תחילית NUM

מקסימום מספר שגיאות בהתאמת קידומת ברירת מחדל: 1.

-ס, --סיומת-שגיאות NUM

מקסימום מספר שגיאות בהתאמה לסיומת ברירת מחדל: 1.

-גל, --גנום-לן NUM

אורך הגנום ב-Mb, לחישוב המספר הצפוי של התאמות אקראיות בטווח
[-inf..10000]. ברירת מחדל: 3000.

-א, --מעוגן

מיפוי מפוצל מעוגן, רק קריאות לא ממופה עם בני זוג ממופים ייחשבו,
דורש שהקריאה תינתן בפורמט SAM

-מחשב, --עונש-ג NUM

אחוז מאורך הקריאה, משמש כעונש עבור פיצול פער ברירת מחדל: 2.

אפשרויות סינון::

-oc, --קיצוץ בשפע NUM

הגדר יחס חיתוך שפע יתר של k-mer. בטווח [0..1].

-rl, --אורך חוזר NUM

דלג על חזרות פשוטות של אורך . בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 1000.

-tl, --אורך טאבו NUM

הגדר אורך טאבו. בטווח [1..inf]. ברירת מחדל: 1.

-לם, --זיכרון נמוך

להפחית את השימוש בזיכרון על חשבון זמן הריצה

אפשרויות אימות:

-mN, --match-N

N תואם לכל שאר התווים. ברירת מחדל: N לא תואמת כלום.

-עד, --error-distr קובץ

כתוב הפצת שגיאות ל-FILE.

גִרְסָה

גרסת splazers: 1.1 עדכון אחרון אפריל 2011

השתמש ב-splazers באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net