זוהי הפקודה tqs שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
tqs - Trim Quality Solexa-Illumina Sequences
תַקצִיר
קריאת רצף Solexa-Illumina לקצץ איכותי תוך שימוש בספים המוגדרים על ידי המשתמש.
אפשרויות
-ח, --עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-f SEQFILE, --sequence file=SEQFILE
קובץ רצף Illumina - פורמט פלט מ-1G Genome Analyzer (_seq.txt):
7 1 255 669
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE, --qual file=QUALFILE
קובץ prb המכיל את כל העוצמות של Illumina, כפי שהוצא על ידי ה-1G
מנתח הגנום (_prb.txt)
-l MER, --length=MER
אורך קריאות רצף (כלומר מספר מחזורי רצף, ברירת מחדל=36)
-t THRESHOLD, --threshold=THRESHOLD
ערך סף עוצמת הבסיס (-40 עד 40, ברירת מחדל=5)
-d DIFF, --difference=DIFF
הפרש עוצמת הבסיס בין העוצמה העליונה והשנייה הכי טובה (1 עד 80,
ברירת מחדל=5)
-c CONSEC, --consec=CONSEC
מספר מינימלי של בסיסים עוקבים העוברים ערכי סף (ברירת מחדל=20)
-v, --מלל
פועל במצב Verbose.
השתמש ב-tqs באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
