TrimmomaticPE - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

TrimmomaticPE - כלי חיתוך קריאה גמיש עבור נתוני Illumina NGS

תַקצִיר

מצב סיום משויך:

TrimmomaticPE [-חוטים אשכולות] [-phred33 | -phred64] [-trimlog קובץ לוג] מְזוּוָג תפוקה
1 לא מזווג תפוקה 1 מְזוּוָג תפוקה 2 לא מזווג תפוקה 2 צעד 1 ...

מצב סיום בודד:

TrimmomaticSE [-חוטים אשכולות] [-phred33 | -phred64] [-trimlog קובץ לוג] תפוקה צעד 1
...

תיאור

Trimmomatic מבצעת מגוון משימות חיתוך שימושיות עבור illumina קצה זוגי ויחיד
נתונים שהסתיימו. הבחירה של שלבי חיתוך והפרמטרים המשויכים אליהם מסופקים ב-
שורת הפקודה.

אפשרויות

-פרד
אם לא צוין ציון איכות, phred-64 הוא ברירת המחדל.

-טרילוג
ציון קובץ trimlog יוצר יומן של כל חיתוך הקריאה, המציין את
הפרטים הבאים:

· השם הנקרא

· אורך הרצף השורד

· מיקומו של הבסיס הראשון ששרד, aka. הכמות שנחתכה מההתחלה

· מיקומו של הבסיס האחרון ששרד בקריאה המקורית

· הכמות גזומה מהסוף

ניתן לציין מספר שלבים לפי הצורך, על ידי שימוש בארגומנטים נוספים בסוף.

רוב השלבים מקבלים הגדרה אחת או יותר, מופרדים ב':' (נקודתיים)

אפשרויות שלב:

ILLUMINACLIP: : : :
fastaWithAdaptersEtc: מציין את הנתיב לקובץ fasta המכיל את כל המתאמים, רצפי PCR וכו'.
שמות הרצפים השונים בקובץ זה קובעים את אופן השימוש בהם. ראה למטה.
seedMismatches: מציין את ספירת אי ההתאמה המקסימלית שעדיין תאפשר ביצוע התאמה מלאה
palindromeClipThreshold: מציין כמה מדויקת צריכה להיות ההתאמה בין שתי קריאות 'מתאם קשורות' עבור יישור קריאה של פלינדרום PE.
simpleClipThreshold: מציין עד כמה מדויקת ההתאמה בין כל רצף של מתאם וכו' חייבת להיות מול קריאה.
.
המתאמים מותקנים במערכת דביאן בכתובת /usr/share/trimmomatic/.

חלון הזזה: :
windowSize: מציין את מספר הבסיסים לממוצע
requiredQuality: מציין את האיכות הממוצעת הנדרשת.

מוֹבִיל:
איכות: מציינת את האיכות המינימלית הנדרשת לשמירה על בסיס.

נגרר:
איכות: מציינת את האיכות המינימלית הנדרשת לשמירה על בסיס.

יְבוּל:
אורך: מספר הבסיסים שיש לשמור, מתחילת הקריאה.

HEADCROP:
אורך: מספר הבסיסים שיש להסיר מתחילת הקריאה.

MINLENGTH:
אורך: מציין את האורך המינימלי של קריאות שיש לשמור.

סדר חיתוך

חיתוך מתרחש בסדר שבו מצוינים השלבים בשורת הפקודה. זה
מומלץ ברוב המקרים כי חיתוך המתאם, במידת הצורך, ייעשה מוקדם יותר
אפשרי.

דוגמאות

קצה מזווג:

TrimmomaticPE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gz lane1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
חלון הזזה:4:15 MINLEN:36

זה יבצע את הפעולות הבאות:

הסר מתאמים
הסר מוביל באיכות נמוכה או N בסיסים (מתחת לאיכות 3)
הסר מאיכות נמוכה או N בסיסים (מתחת לאיכות 3)
סרוק את הקריאה עם חלון הזזה רחב עם 4 בסיסים, חותך כאשר האיכות הממוצעת לבסיס יורדת מתחת ל-15
ירידה קורא מתחת ל-36 הבסיסים הארוכים

המקבילה לקריאה חד-קצה היא:

TrimmomaticSE s_1_1_sequence.txt.gz lane1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
חלון הזזה:4:15 MINLEN:36

השתמש ב-TrimmomaticPE באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net