vcf-subset - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

vcf-subset - צור קבוצת משנה של קובץ VCF

תַקצִיר

vcf-subset [אפשרויות] in.vcf.gz > out.vcf

אפשרויות

-c, --עמודות
קובץ או רשימה מופרדת בפסיק של עמודות שיש לשמור בקובץ vcf. אם קובץ, אחד
עמודה בכל שורה

-e, --exclude-ref
אל תכלול שורות שאינן מכילות גרסאות.

-p, --פְּרָטִי
הדפס רק שורות שבהן רק עמודות המשנה נושאות אלל חלופי.

-r, --החלף-עם-ref
החלף את הסוגים שלא נכללו באלל התייחסות במקום בנקודה.

-t, --סוּג
רשימה מופרדת בפסיקים של סוגי וריאנטים לכלול: SNPs,indels.

-u, --שמור-לא נקרא
אין לכלול שורות ללא שיחות.

-h, -?, - עזרה
הודעת עזרה זו.

דוגמאות

cat in.vcf | vcf-subset -r -t אינדלס -e -c SAMPLE1 > out.vcf

השתמש ב-vcf-subset מקוון באמצעות שירותי onworks.net