זוהי אפליקציית לינוקס בשם PRADA, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם PRADA.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם PRADA עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
פראדה
Ad
תיאור
רצף מקביל מאוד של cDNA הפוך שתעתיק מ-RNA (RNASeq) מספק אומדן מדויק של הכמות וההרכב של mRNAs. כדי לאפיין את התעתיק באמצעות ניתוח נתוני RNA-seq, פיתחנו את PRADA. PRADA מתמקדת בעיבוד וניתוח של הערכות ביטוי גנים, זיהוי היתוך גנים מפוקח ובלתי מפוקח וזיהוי מחיקה תוך גני.
PRADA תומך כיום ב-7 מודולים לעיבוד וזיהוי חריגות מנתוני RNAseq:
תהליך קדם: יוצר קובצי BAM מיושרים ומכוילים מחדש.
ביטוי: מייצר ביטוי גנים (RPKM) ומדדי איכות.
היתוך: מזהה איחוי גנים מועמדים.
guess-ft: חיפוש מפוקח של תמלילי היתוך.
ניחוש-אם: חיפוש מפוקח אחר היתוכים תוך-גניים.
הומולוגיה: מחשבת הומולוגיה בין שני גנים נתונים.
מסגרת: חוזה תוצאה תפקודית של תמליל היתוך
תכונות
- PRADA כתוב בשפת תכנות python ומיועד לפעול בסביבת שורת פקודה במערכות הפעלה UNIX או LINUX.
- תיאור מפורט של שלבי ההתקנה והשימוש בכל מודול עם דוגמאות זמין בתיעוד בכתובת https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- קובצי העזר hg19 זמינים להורדה בכתובת http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- כדי להסיר חפצי היתוך, אנו מסננים גנים עם מספר שותפים באותה דגימה והומולוגיה.
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/prada/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.