זוהי אפליקציית לינוקס בשם BIRAP שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור Sample_Files.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם BIRAP עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
BIRAP
תיאור
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) הוא צינור Perl בקוד פתוח, קל לשימוש, שניתן להשתמש בו כדי להוסיף הערות מחדש לגנום חיידקים באמצעות נתונים ניסיוניים. הכלי משלב פרופיל ביטוי שמקורו ב-RNA-seq ו/או proteogenomics, משווה אותו לקיים בביאור סיליקו ועוזר לאמת ביאור, לזהות אזורי קידוד חלבונים חדשים, RNA משוער שאינו מקודד וכן לסייע בתיקון שגיאות בהערה הקיימת. . הצינור מצריך פלט "pileup" מ-SAMtools עבור נתוני RNA-seq וקובץ לוקוס פפטיד/ePST (GFF) מכלי ה-Proteogenomic Mapping עבור נתוני prote-ogenomics יחד עם הגנום וקיים בביאור סיליקו. כאשר מסופק מידע לגבי המיקום של מקדמים ומסתיימים בגנום (בפורמט .coords), הצינור יעזור גם לזהות RNA שאינו מקודד.
תכונות
- ניתוח אזורים בין-גניים של גנומים חיידקיים
- ביאור מחדש של גנומים חיידקיים
- זיהוי RNA קטן (sRNA).
- RNA-seq
- פרוטאוגנומיקה
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
קונסולה/מסוף, שורת פקודה
שפת תכנות
פרל
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/birap/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
