זוהי אפליקציית לינוקס בשם BisSNP שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בתור BisSNP-1.0.0.jar. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם BisSNP עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
BisSNP
Ad
תיאור
עכשיו ב-Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP היא חבילה המבוססת על המסגרת להפחתת המפה של Genome Analysis Toolkit (GATK) עבור גנוטיפים ברצף מקביל מאסיבי שטופל בביסולפיט (Bisulfite-seq, NOMe-seq ו-RRBS) בפלטפורמת Illumina. הוא משתמש בהסקה בייסיאנית עם הסתברויות מתילציה שצוינו ידנית או מוערכות אוטומטית של הקשר ציטוזין שונה (לא רק CpG, CHH, CHG ב-Bisulfite-seq, אלא גם GCH וחב' ברצף אחר שטופל ב-bisulfite) כדי לקבוע גנוטיפים ורמות מתילציה בו-זמנית . זה עובד גם לקריאה עם קצה יחיד וגם קריאה זוגית. הספציפיות והרגישות אומתו על ידי מערך Illumina IM SNP. בנתוני ברירת המחדל של 30X (ציון בסולם Phred > 20), הוא יכול לזהות 92.21% SNPs הטרוזיגוטיים עם שיעור חיובי שגוי של 0.14% קריאת ציטוזין אינה מבוססת רק על הקשר התייחסות, ולכן היא יכולה לזהות הקשר ציטוזין שאינו ייחוס. קבוצת גוגל לעזרה: http://goo.gl/zL7Nj
תכונות
- מתקשר ל-SNP
- מתקשר מתילציה
- Bisulfite-seq/NOMe-seq/RRBS
- גנוטיפ
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
פרל, ג'אווה
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/bissnp/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
