הורדה מקוונת של CIMS לרוץ בלינוקס עבור לינוקס

זוהי אפליקציית לינוקס בשם CIMS להפעלה בלינוקס מקוונת, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור CIMS.v1.0.5.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.

בצילומי מסך

CIMS לרוץ בלינוקס מקוון

תיאור

חבילה זו כוללת את הסקריפטים לאיתור אתרי מוטציה מושראת צולבת הניתנים לשחזור סטטיסטית (CIMS) ואתרי קיצור מושרה (CITS) מנתוני HITS-CLIP.

הפניות:
Moore, M.*, Zhang, C.*, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. מיפוי אינטראקציות של ארגונאוט וחלבון קונבנציונלי ל-RNA עם RNA ברזולוציה חד-נוקלאוטידית באמצעות HITS-CLIP וניתוח CIMS. פרוטוקולי נאט, 9:263-293.

Zhang,C.†, Darnell, RB† 2011. מיפוי אינטראקציות חלבון-RNA in vivo ברזולוציה של נוקלאוטיד בודד מנתוני HITS-CLIP. נאט. ביוטכנולוגיה. 29:607-614.

תכונות

• מיפוי קריאות CLIP גולמיות לגנום הייחוס (באמצעות novoalign)
• מכווץ כפילויות של PCR עם דגמים שונים בהתאם לנוכחות של ברקודים אקראיים
• תגי CLIP של אשכול לזיהוי אשכולות ולקביעת גבהים שיא
• מעקב אחר מוטציות (החדרות, מחיקות והחלפות) בתגי CLIP ייחודיים
• זיהוי אתרי מוטציה המושרים על ידי קישור צולב חזק (CIMS)
• זיהוי אתרי חיתוך מושרה (CITS) חזקים מ-BrdU-CLIP, iCLIP או וריאציות דומות אחרות

קהל

משתמשי קצה מתקדמים

ממשק משתמש

שורת הפקודה

שפת תכנות

פרל

זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.