זוהי אפליקציית לינוקס בשם COGsoft להפעלה בלינוקס מקוונת, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם COGsoft.04.19.2012.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם COGsoft כדי לרוץ בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
COGsoft לרוץ בלינוקס מקוון
Ad
תיאור
תוכנה להכנת אשכולות של קבוצות אורתולוגיות (הכוללת את האלגוריתם החדש של EdgeSearch). שופט אחרון: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.תכונות
- תיאור חוזקות/חולשות של שיטות שונות: Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. שיטות חישוביות להסקת אורתולוגיה גנטית. ביואינפורמציה קצרה. 2011 ספטמבר;12(5):379-91. Epub 2011 19 ביוני. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- התייחסות לאלגוריתם: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. אלגוריתם פולינומי נמוך להרכבת אשכולות של קבוצות אורתולוגיות מהתאמות סימטריות בין-גנומיות הטובות ביותר. ביואינפורמטיקה. 2010 יוני 15;26(12):1481-7. Epub 2010 2 במאי. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- סקירה טובה / יסודית של אורתולוגים / COGs: Koonin EV. אורתולוגים, פרלוגים וגנומיקה אבולוציונית. עננו ר' ג'נט. 2005;39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- נייר COG מקורי: Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. נקודת מבט גנומית על משפחות חלבונים. מַדָע. 1997 24 באוקטובר;278(5338):631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- מסד נתונים של COG: Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. מסד הנתונים COG: כלי לניתוח בקנה מידה גנום של תפקודי חלבון ואבולוציה. Nucleic Acids Res. 2000 ינואר 1;28(1):33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- אתר מעבדת קוונין: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- אתר ה-FTP הרשמי: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (למרות שכרגע, ה-readme רק מצביע על דף sourceforge)
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
C + +
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
