זוהי אפליקציית לינוקס בשם FusionCatcher שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור fusioncatcher_v1.33.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם FusionCatcher עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
FusionCatcher
Ad
תיאור
FusionCatcher מחפש גני היתוך סומטיים חדשים/ידועים, טרנסלוקציות וכימרות בנתוני RNA-seq (קריאת קצה מזווג מפלטפורמות Illumina NGS כמו Solexa ו- HiSeq) מדגימות חולות.
המטרות של FusionCatcher הן:
- קצב זיהוי טוב מאוד למציאת גנים מועמדים לאיחוי,
- קל מאוד לשימוש (כלומר אין צורך בידע אפריורי של מסדי נתונים וביואינפורמטיקה על מנת להפעיל את FusionCatcher),
- זיהוי טוב מאוד של גנים מאתגרים של היתוך, כמו למשל היתוך IGH, fusions CIC, fusions DUX4, fusions CRLF2, fusions TCF3, וכו'.
- להיות כמה שיותר אוטומטי (כלומר, ה-FusionCatcher יבחר אוטומטית את הפרמטרים הטובים ביותר על מנת למצוא גנים מועמדים להיתוך, למשל מציאת המתאמים באופן אוטומטי, בניית צומת האקסון-אקסון באופן אוטומטי בהתבסס על אורך קריאות הקלט וכו'). תוך מתן קצב הגילוי הטוב ביותר האפשרי למציאת גני היתוך.
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
פיתון
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
