Hierachical_DNAcoder להפעלה ב-Linux הורדה מקוונת עבור L

זוהי אפליקציית לינוקס בשם Hierachical_DNAcoder להפעלה בלינוקס מקוונת, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור Sourcecode.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.

בצילומי מסך

Hierachical_DNAcoder להפעלה בלינוקס באינטרנט

תיאור

האחסון והעברת הנתונים של נתוני גנום גדולים הופכים לדאגות חשובות עבור חוקרים ביו-רפואיים. אנו מציגים שיטת דחיסת גנום חדשה המבוססת על ריבוי הפניות עם מבנה היררכי. הגישה שלנו פועלת עבור דחיסת פורמט היישור הסטנדרטי (כלומר, BAM) דה-פקטו שהוא הצורך הדחוף כרגע. אנו מיישרים רצפים חדשים לרצף התייחסות באמצעות SOAP3, תוכנת יישור מבוססת GPU, ומסכמים מאפייני מיפוי ומידע לקריאה ממופה מדויקת. כדי להגדיל את קצב היישור המדויק, אנו גם מיישרים מחדש את הקריאה הממופת והלא ממופה על ידי שינוי רצף ההתייחסות או קיצור אורך הקריאה. בינתיים, אנו מקדמים את המחקר באמצעות ערכי איכות "אובדים" באמצעות ערכת clustering k-means ומוצאים את ההשפעה הקטנה שלו על יישומים במורד הזרם. השיטה המוצעת השיגה יחסי דחיסה מ-0.5 עד 0.65, המתאים לחיסכון במקום של 35%-50%, במערך נתונים ניסיוני.

תכונות

• יָעִיל
• מהר
• מבטיח

קהל

טכנולוגיית מידע, מדע/מחקר, הנדסה

שפת תכנות

C + +

זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.