זוהי אפליקציית לינוקס בשם IPGWAS שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור ipgwas3.0.5.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם IPGWAS עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
IPGWAS
תיאור
צינור משולב למחקרי אסוציאציות רחבות הגנוםתכונות
- מחקר איגוד רחב גנום (GWAS)
- בקרת איכות (qc)
- עלילת מנהטן ועלילת QQ
- מבחן מגמה Cochran-Armitage, מבחן אסוציאציה
- שלב מערך נתונים של GWAS, פיצול נתוני GWAS לפי כרומוזום
- המר את ריבוע הפלט של EIGENSTRAT לערך p
- המרת פלט זקיפת MACH לפורמט PED/MAP ופורמט SNPTEST
- המר קבצי PED/MAP לפורמט הקלט המוגדר כברירת מחדל של PHASE ו-BEAGLE
- המר קבצי PLINK ו-SNPTEST לפורמט GWAMA
- מחשבון P-Value (מבחן צ'י ריבוע, מבחן מגמת Cochran-Armitage ומבחן מדויק של פישר)
- שנה את סטטוס החיבה של נתוני GWAS
- סינון נושאים של נתוני GWAS לפי מצב חיבה (מקרה/שליטה) ו/או מין (זכר/נקבה)
- GUI עבור PLINK, בדיקת יחס SNP
- לסנן SNPs משמעותיים בודדים
- eigPlot (תווה את תוצאת השכבה העצמית)
- המר קבצי PED/MAP לפורמט הקלט המוגדר כברירת מחדל של MACH ו-IMPUTE2
- המר פלט זקיפות IMPUTE2 לפורמט TPED/TFAM (PLINK).
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ipgwas/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
