זוהי אפליקציית לינוקס בשם kSNP שאת המהדורה האחרונה שלה ניתן להוריד כ-kSNP4.1-source-code.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם kSNP עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
kSNP
Ad
תיאור
kSNP4 מזהה את ה-SNP הפאן-גנום בקבוצה של רצפי גנום, ומעריך עצים פילוגנטיים על סמך אותם SNPs. גילוי SNP מבוסס על ניתוח k-mer, ואינו דורש יישור רצף מרובה או בחירה של גנום ייחוס, כך ש-kSNP4 יכול לקחת 100 של גנומים מיקרוביאליים כקלט. מוקד SNP מוגדר על ידי אוליגו באורך k המקיף אלל SNP מרכזי. kSNP4 יכול לנתח הן גנומים מלאים (מוגמרים) והן גנומים לא גמורים בקונטיגים מורכבים או קריאות גולמיות, לא מורכבות. ניתן לנתח גנומים מוגמרים ולא גמורים יחד, ו- kSNP יכול להוריד אוטומטית קבצי Genbank של הגנום המוגמר ולשלב את המידע בקבצים הללו בהערת SNP.
אין צורך בכישורי תכנות כדי להשתמש ב- kSNP4
גרדנר, SN והול, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak, ו-BG Hall. 2015 ביואינפורמטיקה 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ksnp/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
