זוהי אפליקציית לינוקס בשם SPANDx שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור SPANDx_v3.2.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם SPANDx עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
SPANDx
תיאור
SPANDx הוא הכלי האחד שלך לזיהוי גרסאות SNP ו-indel בגנום הפלואידי באמצעות נתוני NGS.
SPANDx מבצע יישור של קריאות NGS גולמיות כנגד הגנום הרפרנס או הפאן-גנום שבחרת, ולאחר מכן קריאה וריאנטית מדויקת של וריאנטים, וקביעת נוכחות/היעדר לוקוס. SPANDx מייצרת מטריצות SNP ו-indel עבור ניתוחים פילוגנטיים במורד הזרם. ניתן לזהות SNP ואינדלים מוערים, רחבי הגנום, אם הם מצוינים, והם מופקים בפורמט קריא אנושי. נוצרת גם מטריצת נוכחות/היעדרות כדי לאפשר לך לזהות את תוכן הגנום הליבה/אבזר על פני כל הגנום שלך.
ניתן לייבא את התפוקות שנוצרו על ידי SPANDx ל-PLINK לצורך ניתוחי מחקר אגודות מיקרוביאליים (mGWAS).
SPANDx יכול להשתמש ב-PBS, SGE או SLURM לניהול משאבים. SPANDx יכול גם לרוץ ישירות בשורת הפקודה אם אין מנהל משאבים זמין.
לגרסה המעודכנת ביותר של SPANDx, בדוק אותנו ב-GitHub: https://github.com/dsarov/SPANDx
תכונות
- 30 בנובמבר 16: SPANDx 3.2 משתמש כעת ב-BWA-mem עבור יישור מהיר יותר מדויק יותר
- 31 במאי 16: SPANDx 3.1.1 עובד כעת על מערכות TORQUE/PBS לפני v2.3.1.
- 14 בפברואר 16: SPANDx 3.1 כעת ניתן להגדיר את דגל ה-z כך שיכלול SNPs tri-ו-tetra אללים ביציאות .nex.
- 26 בדצמבר 15: ל-SPANDx 3.0 יש הרבה שדרוגים, כולל תאימות משופרת של samtools, אינטגרציה טובה יותר של PLINK עבור GWAS, והוא יכול לקרוא עד 9 אינדלים ולכל ארבעת ה-SNPs במקום אחד!
- 05 באוגוסט 15: SPANDx v2.7 עובד כעת על SGE, PBS, SLURM ומערכות ללא מנהל משאבים.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
מעטפת יוניקס
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/spandx/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
