זוהי אפליקציית לינוקס בשם SuRankCo לרוץ בלינוקס מקוון, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם surankco_r5.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם SuRankCo כדי לרוץ בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
SuRankCo לרוץ בלינוקס מקוון
תיאור:
SuRankCo היא תוכנה מבוססת למידת מכונה לניקוד ודירוג של קבוצות ממכלולים דה נובו של נתוני רצף מהדור הבא. הוא מתאמן עם יישור קונטיגים עם גנום התייחסות ידוע ומנבא ציונים ודירוג עבור קונטיגים שאין להם עדיין גנום התייחסות קשור.לפרטים נוספים על SuRankCo ותפקודו, ראה
"SuRankCo: דירוג מפוקח של Contigs באסיפות דה נובו"
Mathias Kuhring, Piotr Wojtek Dabrowski, Andreas Nitsche וברנהרד י.רנארד
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
שימו לב, מומלץ לקרוא את העיתון ואת קובץ readme.txt לפני השימוש ב-SuRankCo.
עדכון יוני 2015:
* שינויים קלים כדי לאפשר תמיכת BAM.
עדכון בפברואר 2014:
* נוספה תמיכה עבור מכלולי FASTA/SAM בנוסף ל-ACE/FASTQ(QUAL).
הערה: התכונות של מכלולי FASTA/SAM עדיין לא כוללות BaseCount, BaseSeqmentCount ו-ContigQualities.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
Java, S/R
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/surankco/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.