זוהי אפליקציית לינוקס בשם Swift Sequence Alignment Program לרוץ בלינוקס מקוון, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור swift-0.11.2.tgz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם Swift Sequence Alignment Program כדי לרוץ בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
תוכנית Swift Sequence Alignment להפעלה בלינוקס באופן מקוון
תיאור
Swift היא תוכנית יישור רצף DNA המייצרת יישור מרווח באמצעות אלגוריתם Smith-Waterman. הוא מקבל קובץ שאילתה (פורמט FASTA) וקובץ עזר (פורמט FASTA) כקלט. הוא מוציא את שם ההפניה, שם הקריאה, יישור מרווח, ציון היישור, עמדות ההתחלה והסיום של היישור ואורך היישור.העברתי הרצאה על Swift בכנס GPU Technology Conference 2012. ניתן לגשת להרצאה בכתובת http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
כדי להתקין ולהפעיל את Swift, עיין בדף Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
אם אתה זקוק לעזרה נוספת בהתקנת או הפעלת Swift, אנא צור קשר עם Pankaj Gupta בכתובת [מוגן בדוא"ל].
תכונות
- מייצר יישור מרווח באמצעות אלגוריתם Smith-Waterman
- אלגוריתם Smith-Waterman פועל על ה-GPU (יחידת עיבוד גרפי)
- מקבל קובץ קריאה (פורמט FASTA) וקובץ עזר (פורמט FASTA) כקלט
- פלט שם הפניה, שם קריאה, יישור מרווח, ניקוד יישור, עמדות התחלה וסוף יישור ואורך יישור
- תומך בקריאה של Illumina (אורך קבוע)
- דרישות: מערכת הפעלה לינוקס; זיכרון מערכת של 4 ג'יגה-בייט; כרטיס גרפי בעל יכולת CUDA; ערכת כלים CUDA 4.2+; 6 GB זיכרון גלובלי; 49 KB זיכרון משותף
קהל
מדע/מחקר
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
