זוהי אפליקציית לינוקס בשם TaxOnTree שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם TaxOnTree עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
TaxOnTree
תיאור
TaxOnTree היא תוכנית פילוגנטית לשיוך מידע טקסונומי בעץ פילוגנטי.
הפלט הוא קובץ עץ בפורמט NEX המוגדר לפתיחה ב- FigTree, שמשתמשים יכולים לצבוע אותו מיד לפי כל טקסה או לפי האבות המשותפים לרצפים עם שאילתה. הקלט יכול להיות קובץ בפורמט Fasta לשימוש בחיפוש BLAST או רשימה של רצפים המיוצגים על ידי המזהים שלהם (UniProtAC או NCBI gi), אם אשכול כבר זמין. כמו כן, ניתן להשתמש בקובץ newick שהופק עם תוכנת משתמש והגדרות ספציפיות כדי להמשיך עם התיוג הטקסונומי. TaxOnTree הופך את המשתמש שלו למומחה בטקסונומיה. TaxOnTree גם מתקן את היעדר טקסונים מסוימים בטקסונומיה של NCBI. תוכנית שורת הפקודה קלה להגדרה וניתנת לחיבור למספר כלי ביואינפורמטיקה, ומייצרים עץ צבעוני בפורמט PDF. TaxOnTree זמין ככלי אינטרנט ב http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree לעבודות בעלות נמוכה.
תכונות
- הזן שאילתה בפורמט fasta (או המזהה שלה) והפק עץ פילוגנטי
- מסד נתונים RefSeq עם חלבונים מלאים בלבד ופרוטונים UniProt Reference מופצים עם TaxOnTree
- ניתן לבצע יישור מרובה עם MUSCLE, PRANK, Clustal Omega או Kalign
- לחלופין, ניתן להשתמש באשכולות של הומולוגיות כגון KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER וכו' כקלט
- TaxOnTree יכול לטפל ביישור עם TrimAl ובונה עץ עם FastTree
- עם זאת, עץ שנבנה על ידי משתמש בפורמט newick יכול לשמש כקלט עבור TaxOnTree
- TaxOnTree מייצר קובץ NEXUS שייפתח עם FigTree
- יישום יכול להריץ שורת פקודה FigTree ולייצא עץ מנותח ב-PDF
- לשימוש יחיד, כלי אינטרנט זמין והקוד שלו זמין גם להתקנה מקומית
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
פרל
סביבת מסד נתונים
Perl DBI / DBD, MySQL
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/taxontree/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
