זוהי אפליקציית Windows בשם BBMap שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם BBMap_39.03.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם BBMap עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
בצילומי מסך
Ad
BBMap
תיאור
חבילה זו כוללת BBMap, יישור קריאה קצר, כמו גם כלים ביואינפורמטיים שונים אחרים. הוא כתוב ב-Java טהור, יכול לרוץ בכל פלטפורמה, ואין לו תלות מלבד ג'אווה שמותקנת (קומפילציה עבור Java 6 ומעלה). כל הכלים יעילים ומרובים.
BBMap: יישור קריאה קצר לנתוני DNA ו-RNA-seq. מסוגל להתמודד עם גנומים גדולים באופן שרירותי עם מיליוני פיגומים. מטפל ב- Illumina, PacBio, 454 וקריאות אחרות; רגישות גבוהה מאוד וסובלנות לשגיאות ואינדלים גדולים רבים. מהר מאוד.
BBNorm: כלי לתיקון שגיאות ונורמליזציה מבוסס Kmer.
Dedupe: מפשט הרכבות על ידי הסרת רצפי משנה כפולים או כלולים שחולקים זהות של אחוז יעד.
פורמט מחדש: פורמט מחדש קורא בין fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, לבין ASCII-33/64, במהירות של מעל 500 MB/s.
BBDuk: מסננים, חיתוכים או מסכות קריאות עם התאמות קמר לקובץ חפץ/מזהם.
...ועוד!
תכונות
- Pure Java, פועל על כל פלטפורמה; כבר הידור, פשוט פתח את הדפדפן והפעל.
- מהיר, יעיל ורב הליכי.
- מידע שימוש המוצג בעת הפעלת shellscript ללא פרמטרים.
- הרגישות הגבוהה ביותר של כל מיישר לקריאה קצרה.
- קל להתקנה - פשוט לפתוח/להתיר.
- קל לשימוש. דוגמה: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- מטפל בכל הפורמטים הנפוצים: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- בשימוש על ידי מכון הגנום המשותף.
- BB ראשי תיבות של Bestus Bioinformaticus.
- יש כאן שאלות נפוצות שימושיות: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
קונסולה/טרמינל
שפת תכנות
Java
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/bbmap/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
