זוהי אפליקציית Windows בשם FineSplice שאת המהדורה האחרונה שלה ניתן להוריד בתור FineSplice-0.2.2.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם FineSplice עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
בצילומי מסך
Ad
FineSplice
תיאור
FineSplice היא עטיפה של Python ל-TopHat2 המכוונת לזיהוי אמין של חיבורי אקסון מבוטאים מנתוני RNA-Seq, בדיוק זיהוי משופר עם אובדן קטן ברגישות.
לאחר יישור עם TopHat2 באמצעות הערות תמלול ידועות, FineSplice לוקח כקלט את קובץ ה-BAM המתקבל ומוציא קבוצה בטוחה של חיבורי splice מפורשים עם ספירות הקריאה המתאימות. חיובי כוזב פוטנציאליים הנובעים מיישורים מזויפים מסוננים באמצעות אסטרטגיית זיהוי אנומליות מפוקחת למחצה המבוססת על רגרסיה לוגיסטית. קריאות מיפוי מרובות עם מיקום ייחודי לאחר הסינון נחלצות ומוקצה מחדש למיקום המועמד האמין ביותר.
FineSplice דורש Python 2.x (>= 2.6) עם המודולים הבאים מותקנים: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) ו-skit-learn (http://scikit-learn.org/).
לפרטים נוספים עיין בפרסום שלנו: Nucl. Acids Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
תכונות
- התיישר עם TopHat2 באמצעות הערות תמלול לביצועי מיפוי מעולים
- הפעל את FineSplice כדי להיפטר מיישורי מרווחים לא אמינים ולשפר את דיוק זיהוי צומת החיבור
- פלט קבוצה בטוחה של חיבורי אקסון-אקסון עם ספירות הקריאה המתאימות לניתוחים במורד הזרם
שפת תכנות
פיתון
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/finesplice/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
