boxshade - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

boxshade - 複数の配列アライメントをきれいに印刷する

SYNOPSIS

ボックスシェード

DESCRIPTION

ボックスシェード は、複数の整列出力をきれいに印刷するためのプログラムです。 プログラム自体
はアライメントを行わないため、ClustalW などの複数のアライメント プログラムを使用する必要があります。
これらのプログラムの出力を積み重ねて、BOXSHADE の入力として使用します。

-助けて
ヘルプを表示します。

-小切手
ヘルプを表示し、コマンドラインを拡張します。

-定義
デフォルトを使用し、不必要な質問はしないでください。

-numdef
デフォルトの番号付けを使用します。

-DNA
DNA シーケンスを想定し、box_dna.par を使用します。

-スプリット
複数のページに個別のファイルを作成します。

-toseq=XXX
シーケンス番号に応じたシェーディング XXX.

-in=

は入力ファイル名です。

-アウト=

は出力ファイル名です。

-パー=

パラメータファイル名です。

-sim =

def は類似した残基のファイル名です。

-grp=

定義された残基をグループ化するためのファイル名です。

-thr=x

x コンセンサスを得るために一致する必要がある配列の割合です。

-dev=x

x は出力デバイス クラスです (下記を参照)。

-type =x

x は入力ファイル形式です (下記を参照)。

-ルーラー
定規の線を印刷します。

-短所
コンセンサスラインを作成します。

-symbcons=XYZ

XYZ はコンセンサスシンボルです。

-symbcons=XYZ"
上記の方法が機能しない場合は、これを試してください。

-UNIX
出力ファイルの行は LF のみで終了します。

-マック
出力ファイルの行は CR のみで終了します。

-二
出力ファイルの行は CRLF で終了します。

このマニュアルページは、元のプログラムがDebian（TM）ディストリビューション用に作成されたものです。
マニュアルページはありません。 提示された情報は、
Debian パッケージとしては利用できないバージョン 3.21 の Web サービス。

BOXSHADE は、複数の配列を揃えたタンパク質やタンパク質から見栄えの良いプリントアウトを作成するためのプログラムです。
DNA 配列。 プログラムはそれ自体で位置合わせを行わず、入力としてファイルを受け取る必要があります。
マルチアライメントプログラムまたはマルチファイルエディタによって前処理されます。 以下を参照してください
サポートされている入力形式と出力デバイスのリスト。 標準のBOXSHADE出力では、
マルチアライメントチャート内の同一または類似の残基は、次のように表されます。
異なる色や色合い。 シェーディングの種類に関してはさらにいくつかのオプションがあります
適用、シーケンス番号付け、コンセンサス出力など。 ユーザーインターフェースはちょっと
現時点では不器用なので、望ましい結果を得るには多くの質問に答えなければなりません
出力。 ただし、標準のデフォルトパラメータを使用する可能性があります。
パラメータ ファイルを使用するか、コマンド ラインからプログラムにパラメータを指定します。 で
現時点では、BOXSHADE の VMS バージョンと DOS バージョンは同一のユーザー インターフェイスを備えています。

入力 フォーマット
BOXSHADE 3.2 は、次の入力ファイル形式を認識しています: (一部は一般的に使用されています)
MSDOS または VMS システムのみ) + CLUSTAL および CLUSTALV、マルチアライメント プログラム、
DOS/VMS/MAC デフォルト拡張子 .ALN + ESEE、マルチ シーケンス エディタ、DOS デフォルト拡張子
.ESE + PHYLIP、系統解析パッケージ、DOS、VMS、UNIX のデフォルト拡張子 .PHY +
GCG 配列解析パッケージの PILEUP および PRETTY VMS/UNIX デフォルト拡張子 .MSF
そして.PRE NB!! PRETTY 形式を入力として使用しないことを強くお勧めします。
.MSF 入力の改訂版と互換性がありません。 なぜ誰もがそうするのか実際には考えられません
現在はこの形式が使用されていますが、一般的には .MSF ファイルの方が便利です。 + 不正行為、複数
シーケンス エディター、VMS のみのデフォルト拡張子 .MAL BOXSHADE はファイル タイプを決定しようとします
拡張子からのものですが、別の拡張子が使用されている場合でも機能します。

出力 デバイス
POSTSCRIPT/EPS は、レーザープリンターで印刷したり、さらに印刷するための POSTSCRIPT(TM) ファイルを作成します。
POSTSCRIPT インタプリタ (GHOSTSCRIPT など) + HPGL を使用した変換 (さまざまなファイルへのエクスポート用)
グラフィックス プログラム、またはシェアウェア プログラム PRINTGL による変換/印刷用。 プロット
プロッターでの BOXSHADE 出力は通常推奨されません + RTF でさまざまなファイルにエクスポートする
ワードプロセッサおよびグラフィックス プログラム + CRT、PC モニターへの直接画面書き込みを使用します。
可能なオプションは、使用するグラフィックス アダプターによって異なります。 この出力デバイスはのみサポートされています
MSDOS バージョンでは。 +ANSI。 PC では、このオプションは ANSI デバイス ドライバー (ANSI.SYS) を使用します。
これは事前に CONFIG.SYS にロードする必要があります。 可能なキャラクターの演出は逆です。
太字、下線、点滅など。非 DOS システムでは、このオプションは多かれ少なかれ次のように動作します。
VT100の出力モード。 + VT100 互換端末またはエミュレータで表示するための VT100。 +
ReGIS 互換グラフィック端末またはエミュレータで表示するための ReGISterm。 + ReGISファイル用
デジタル上で印刷するために、後でプログラム RETOS (著作権 DEC) によって変換されます。
プリンターシリーズ。 + DIGITALS LJ250 カラー プリンタで印刷する場合は LJ250。 + ASCII 出力
保存された残基または変動する残基のいずれかを示します (その他は「-」で表示)。 +FIGファイル
x図2.1。 + Mac および PC グラフィックス プログラムにインポートするための PICT ファイル。 上記のフォーマットの一部
キャラクターを拡大縮小したり、プロットを回転したりする可能性を提供します。 文字サイズ
「ポイント」単位で入力する必要があります。 通常の出力方向はポートレートモードです
(PS/EPS/HPGL/PICT のみ) 横向きで出力を取得するには、「rotate plate = y」を使用します。
選ばれること。 複数ページの出力を作成する場合、すべてのページが XNUMX つの出力に含まれます
ファイル。 ファイルごとに XNUMX ページが必要な場合は、コマンド ライン パラメータ /SPLIT を使用する必要があります。
マルチページ EPSF は、EPSF または PICT ファイル出力をリクエストするときに適用されます。
EPSF の目的と大きな PICT ファイルの矛盾は、おそらく大きすぎるでしょう。
ほとんどのパーソナルコンピュータ。 端末を出力デバイスとして使用している間、「RETURN」キーは
出力の次のページを取得するにはこれを押します。

シーケンス ナンバリング
バージョン 2.2 以降では、出力ファイルに番号を追加できるようになりました。
番号はシーケンス名とシーケンス自体の間に印刷されます。 ほとんどの場合
入力ファイルは番号付けを使用しないか、アライメントの最初の位置に番号を付けます。
常に「1」が付きます (元の数値が必ずしも反映されるわけではありません)
シーケンス)、ユーザーは各シーケンスの開始位置を入力するように求められます。 コマンド
行フラグ /DEFNUM はその質問を抑制しました。すべての質問に対して開始位置 1 が想定されます。
シーケンス。 ボックスシェードは、左端の位置に入力された値から始まり、継続します。
すべての有効なシンボルに番号を付け、空白、「-」、「.」をスキップします。 などなど。

デフォルト パラメータ
BOXSHADE の以前のリリースを使用している何人かの人が、次の必要性を私に指摘しました。
プログラムによって尋ねられるさまざまな質問に対するデフォルトのパラメータ。 彼らは、ほとんどが
サイトでは、XNUMX 種類の入力ファイル、XNUMX つの出力デバイス、および XNUMX つの色の選択のみを使用します。
出力。 したがって、XNUMX つのレベルを可能にするデフォルト パラメータの管理を追加しました。
ユーザーへの支援。 1) すべてのデフォルトパラメータは ASCII ファイルに含まれており、
ユーザーの好みに合わせて簡単に変更できます。 形式は大まかに文書化されています。
ファイルヘッダーは、プログラムを使用する場合に必要なキーボード入力に似ています。
インタラクティブに。 このリリースの BOXSHADE には、このようなファイルが XNUMX つ提供されています。
BOX_DNA.PAR および BOX_PEP.PAR は、ペプチドおよび
DNAの比較。 これら XNUMX つに大きな違いはありませんが、大きな違いは次のとおりです。
DNA 比較をシェーディングする場合、「類似した」残基は気にしません。 2) プログラムを実行する
ユーザーの操作を最小限に抑え、コマンドラインを使用する可能性を追加しました。
パラメーター。 現時点では、 /check を使用できます。許可されているすべてのコマンドラインパラメータをリストします。
(このリスト) パラメータを追加できるようになります。 /def : プログラムは質問なしで実行されます。
BOX_PEP.PAR はデフォルトとして使用されます /dna : プログラムがパラメーター ファイルとして BOX_DNA.PAR を使用するようにします
/pep : プログラムにBOX_PEP.PARをパラメータファイルとして使用させる /in=xxx : プログラムを作成する
take xxx as input file /out=yyy : プログラムは yyy を出力ファイルとして取得します (注 1)
/par=zzz : プログラムで zzz をデフォルトのパラメータ ファイルとして使用します。 /type=1 :
プログラムはタイプ 1 (PRETTY/MSF) の入力ファイルを想定します。 / dev=1 : プログラムは次のように仮定します。
タイプ 1 の出力デバイス (CRT) /numdef : デフォルトの番号付けを使用します (以下で始まるすべてのシーケンス)
"1") /thr : コンセンサスに同意する必要がある残基の閾値の割合 /split : 力
ファイル出力ごとに XNUMX ページ、複数の出力ファイルが作成されます。 /cons : プログラムを作成させます
追加のコンセンサス ライン (下記を参照) /symbcons=: コンセンサス ラインの方法に影響を与えます。
表示されています。 (下記参照) /unix : 出力ファイルを Unix スタイルで書き込みます (LF のみ) (注 2) /dos
: DOS スタイル (CR/LF) で出力ファイルを書き込みます (注 2) 注 1: UNIX マシンでは、out=OUTPUT を使用します。
DOS マシンのターミナル出力の場合は、out=con を使用します。 VMS マシンの場合は、out=tt を使用します。 注 2: if
モードが指定されていない場合は、マシンのネイティブ スタイルが使用されます。

注意
UNIX システムでは、区切り文字としてスラッシュ (/) の代わりにダッシュ (-) を使用する必要があります。
コマンドラインパラメータの文字。 たとえば、有効な UNIX コマンド ラインは次のとおりです。
ボックスシェード -定義 -numdef -短所 -symbcons= .*」

シェーディング 作戦 (類似性 〜へ コンセンサス or 順序）
バージョン 3 以降、BOXSHADE には新しいシェーディング システムが追加されました。 最初の違いは、
存在するために一致しなければならない残基の閾値画分の導入
コンセンサス。 以前のプログラムでは、SOME 残基が常にコンセンサスであると想定されていました。 もしも
同じ残基は XNUMX つとなく、最初の配列がコンセンサス残基を提供しました。 これ
しきい値の割合には、0.0 ～ 1.0 の任意の数値を指定できます。 シーケンスの数
コンセンサスが得られるためには、同意する必要があります。ご想像のとおり、この小数に
アラインメント内の配列の総数 (配列の一部は 3.2 としてカウントされます。例: XNUMX)
4）になります。 XNUMX 番目の違いは、「類似性による合意」という考え方です。 これはしようとします
すべてのシーケンスに (たとえば) R または K が含まれる可能性がある状況を考慮してください。
地位はあるが過半数でもない。 XNUMX 種類の残基をシェーディングするのは論理的ではありません
一方は「同一」であり、他方は「類似」である。 閾値関数によっても除去される可能性があります
どちらも数が少なすぎるためです。 したがって、残基が XNUMX つも存在しない場合、
ある位置で保存されている（しきい値より大きい）場合、プログラムは次の「グループ」を探します。
必要条件を満たすアミノ酸。 「グループ」は .grp ファイルで定義されます。 ユーザー
個人的な偏見に合わせてこれらを調整することができます。 記載されていないアミノ酸は存在しないものとみなされます。
グループにいる。 グループのすべてのメンバーは相互に類似していると見なされます。
.sim ファイル（以下で説明）。 類似性によるコンセンサスが見つかった場合、
コンセンサスは、ユーザーが定義した「類似の」シェーディングを使用してシェーディングされます。 ユーザーがそうでない場合
「類似性によるシェーディング」を選択すると、アイデンティティタイプのコンセンサスのみが調べられます。 もし
アイデンティティタイプのコンセンサスが見つかり、類似性シェーディングが実行されている場合、プログラムは
残りの残基がコンセンサス残基と類似しているかどうかを確認します。 ここで、
box_xxx.sim ファイルが使用されます。 これらのファイルの関係の主な違いは、
.grp ファイル内のそれらは、たとえば .grp ファイル内の STA という行は、XNUMX つすべてを意味します。
aa は相互に類似しています。 .sim ファイルでは、S TA は T と A の両方が考慮されることを意味します
S に類似しており、しきい値を超える数に保存された S 残基が存在します。
シーケンス。 ただし、T と A が互いに似ているという意味ではありません。 ご了承ください
XNUMX つの残基または残基のグループが閾値要件を満たす場合 (
thr の値で発生する可能性があります。 0.5 以下の小数）は次のように扱われます。
コンセンサスがないこと。 これは、メインのシェーディング モデル「次のシェーディング モデル」について説明します。
コンセンサス'。 代替モデルは、「マスター シーケンスに従ったシェーディング」と呼ばれます。 の
この場合、ユーザーは一連のアライメントを入力するように求められ、続いて
シーケンスは「コンセンサス」とみなされます。 それらの残基のみが影付きになります。
選択された配列と同一または類似しています。 このオプションで得られる出力は次のような傾向があります。
影が薄くなり、他の (選択されていない) シーケンス間の類似性は無視されます。 起動
V2.7 では、この「マスター シーケンス」を非表示にすることができます。 したがって、影のシェーディングにのみ影響します。
他のシーケンス自体は表示されません。

コンセンサス ディスプレイ
バージョン 2.5 以降、BOXSHADE では追加の行を作成できるようになりました。
コンセンサスシンボルを保持しています。 この行は、コマンド ラインを使用して取得できます。
修飾子 /CONS を使用するか、「コンセンサスを作成しますか?」という質問に対話的に回答します。 '。 道
このコンセンサスラインが表示されますが、コマンドラインパラメータで変更できます
SYMBCONS=xyz。.PAR ファイル内の各エントリを編集するか、対話的に編集します。 以来、
SYMBCONS 構文は直感的ではありません。ここで簡単に説明します。 SYMBCONS パラメータは次のとおりです。
正確に XNUMX つのシンボル: + 最初のシンボルは、「通常の」シーケンス残基を表します。
いかなる類似/同一の関係にも関与していません。 + XNUMX 番目の記号は次のことを表します
アライメントのすべてのシーケンスで類似した位置。 ファイルBOX_PEP.SIMを参照してください。
および BOX_DNA.SIM を使用して、どの残基が類似しているとみなされるかを確認します。 + XNUMX 番目の記号は次のことを表します
アライメントのすべての配列で同一の位置。 SYMBCONS パラメータ
文字列 " .*" (空白/ポイント/アスタリスク) の意味: アライメント内のすべての位置にラベルを付ける
完全に同一の残基はアスタリスクで、同様の残基を持つすべての位置はアスタリスクで示します。
他の位置はポイントし、マークしないでください。 文字「B」を代わりに使用できます。
空白の場合、これは必要です。たとえば、コマンド ライン オプション /SYMBCONS=B.* を使用する場合です。
上の例と同じ結果になります。 オプション /SYMBCONS= .* を指定すると、
MSDOS がコマンド ラインから空白を押し出すため、予期しない動作が発生します。 そのほか
ポイント、アスタリスク、その他の記号が使用される場合、特殊文字が XNUMX つあります。
SYMBCONS 文字列: 'L' および 'U'。 「L」は、
その位置で最も豊富な残基が、固定コンセンサスシンボルの代わりに使用されます。
一方、「U」はその残基の大文字表現を意味します。 可能性のある
アプリケーションは SYMBCONS 文字列「LU」になります。ここで、同様の残基は次のように表されます。
小文字と大文字で同一です。

シェアウェア/PD プログラム 便利 in 共同 　 ボックスシェード
特に、BOXSHADE で使用される複数のアライメント ファイルは、次の方法で作成できます。
次の PD/フリーウェア プログラム: + Joe Felsenstein の PHYLIP (ftp で入手可能)
anthro.utah.edu + ESEE (Eric Cabot 著)、BOXSHADE と同じソースから入手可能 (「
上記) + CLUSTAL by Des Higgins、POSTSCRIPT ファイルのプレビュー/変換についても同様、
GNU ソフトウェア財団のプログラム GHOSTSCRIPT を強くお勧めします。 利用できます
すべての主要な MSDOS ftp サイト (例: SIMTEL または ftp.uni-koeln.de) からのバージョンもあります
vax0.biomed.uni-koeln.de で入手可能な boxshade での使用がテストされていますが、これは
最新のリリースではありません。 Mac ユーザーには MacGhostscript があり、こちらからも入手できます。
メインアーカイブ (info-mac、umich およびそれらのミラー)。 を配置するための*非常に*良いツールです。
EPSF ファイルへのプレビュー イメージ。多くの場合、図面に組み込むための前提条件となります。
パッケージは、Peter Lerup による PS2EPS です。 これは info-mac で見つけることができます。 プレビュー/変換用
HPGL ファイルの場合は、Cary Ravitz によるシェアウェア プログラム PRINTGL 1.18 を強くお勧めします。 それ
多くの MSDOS FTP サイトおよびから入手できます。 [メール保護] - ドットで出力
プリンター - PRINTGL はプリンターの種類の幅広い選択肢を提供し、優れたプログラムであるため、
非 POSTSCRIPT プリンタで BOXSHADE 出力を印刷する場合は、これを使用することをお勧めします。 HPGL出力を使用する
オプション付き 通常の残基の場合は 0F1N 同一の残基の場合は 2F1N 類似の残基の場合は 3F1N
保存された残基の場合は 2F4N 回転されていない文字サイズの場合は 8 (これらは
BOX_PEP.PAR の標準パラメータ) を使用して、HPGL ファイルを作成します。 (TEST.PLT と呼びます) さて
PMI を呼び出して対話的に PRINTGL を使用するか、PRINTGL のようなコマンド ラインを使用します。
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt ここで、test.plt は変換するファイル名に置き換えられ、
式 /Fx の x は、使用するプリンタの文字に置き換えられます。 （見る
詳細については PRINTGL ドキュメントを参照してください)

制限事項

RTF 出力と PHYLIP 入力の実装はまだ実験段階です。 教えてください
プログラムでのあなたの経験。 + 現在の DOS バージョンは 13 シーケンスのみをサポートします
それぞれ 2000 残基あります。 このパラメータはソース コードで簡単に変更できます。 もし、あんたが
Pascal コンパイラがないためソースをコンパイルできません。作成者に連絡してください
プリコンパイル済みバージョンの場合

引用 ボックスシェード

BOXSHADE での出版はなく、またその予定もありません。 ほとんどの人は単にそれを使用するだけです
出版物に数字が掲載されていて、何も言及されていない場合でも、本の著者にとっては問題ありません。
ボックスシェード。 本当にBOXSHADEについて言及したい場合は、次のいずれかの方法でそれを承認してください。
図の凡例、または配列分析の Mat&Meth パートに記載されています。

onworks.net サービスを使用してオンラインで boxshade を使用する