これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_classify_hits_kingdomp です。
プログラム：
NAME
bp_classify_hits_kingdom - BLAST ヒットを分類学的界で分類する
USAGE
bp_classify_hits_kingdom [-i tab_file] [-i Second_BLAST_file] [-e evalue_cutoff]
[-t dir_where_TAXONOMY_files_are] [-g gi2taxid]
[-z PATH_TO_zcat] [-v]
DESCRIPTION
一連のヒットに対する分類学的分布を (王国レベルで) 出力します。
NR データベース。 デフォルトでは、このスクリプトは、タンパク質に対して検索を行ったことを前提としています
データベース (gi_taxid_nuc.dump ファイル)。
これは、タブ付きの -m9 または -m8 形式の BLAST ファイルを想定しています。 -m 8 または使用で出力
変換する blast2table.pl (FASTA を使用している場合は fastam9_to_table.PLS)。
入力値:
-t/--taxonomy 分類 .dmp ファイルがあるディレクトリ (NCBI から)
-g/--gi gi2taxid ファイルのファイル パス (タンパク質の場合は gi_taxid_prot.dmp)
または、nucleid データベースに対する検索の場合は gi_taxid_nucl.dmp)
-i/--in 処理するタブ区切りの -m8/-m9 出力ファイルの名前
-e/--evalue 考慮されるヒットの E 値カットオフを提供します
-z/--zcat 「zcat」実行可能ファイルへのパス。「gunzip -c」にすることもできます
システムに zcat がない場合。
フラグ：
-v/--verbose 詳細メッセージを有効にするには
-h/--help この役立つ情報を表示する
これはスクリプトの開始に役立つことを目的としていますが、ユーザーは出力をカスタマイズしたい場合があります
およびパラメータ。 ここで王国を要約していて、真核生物が落ちていないことに注意してください
後生動物、Viridiplantae、または菌類に分類されると、一般的な超王国真核生物にグループ化されます
簡単にするために。 コードには、変更できる場所を示すコメントがあります。
たとえば、門ごとにヒットを表示したい場合。 を消去する必要があることに注意してください。
これらの変更を行った後にディレクトリに作成されるキャッシュファイル「gi2class」。
著者
ジェイソン・ステイジク jason_at_bioperl_dot_org
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_classify_hits_kingdomp を使用する
