これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_mask_by_searchp です。
プログラム：
NAME
bp_mask_by_search - アライメント結果に基づいてシーケンスをマスクします。
SYNOPSIS
bp_mask_by_search.pl -f ブラストゲノムファイル blastfile.bls > マスクゲノム.fa
DESCRIPTION
別のシーケンスの重要なアライメントに基づいてシーケンスをマスクします。 提供する必要があります
レポート ファイルとマスクするシーケンス データ全体。 デフォルトでは、これは
TBLASTN (または TFASTY) を実行したと仮定して、ヒット シーケンスをマスクしてみます。
ヒット データベースのシーケンス ファイルを提供しました。 やりたい場合は、
-t/--type クエリ フラグを指定してクエリ シーケンスを反転およびマスクします。
これは配列ファイル全体をメモリに読み込むため、大きなゲノムの場合は、
倒れる。 すべてをメモリ内に保持しないように DB_File を使用しています。解決策の XNUMX つは、
ゲノムをいくつかの部分に分割します (DB 検索を実行する前に、
このプログラムへの入力として BLAST した正確なファイル)。
二重ダッシュ (--) の下のオプションは、--format=fasta または --format fasta の形式になります。
「-f fasta」とだけ言ってください
-f/--format とは、どちらも許容可能なオプションであることを意味します。 =s または =n または =c はこれらを指定します
引数には「文字列」が必要です
オプション：
-f/--format=s 検索レポート形式 (fasta、blast、axt、hmmer など)
-sf/--sformat=s シーケンス形式 (fasta、genbank、embl、swissprot)
--hardmask (ブール値) シーケンスをハードマスクします。
マスク文字を使用 [デフォルトは小文字マスク]
--maskchar=c [デフォルトは N] でマスクする文字、変更
タンパク質配列の場合は「X」に
-e/--evalue=n HSP およびヒットのみの evalue カットオフ
アライメントが evalue を指定した場合のマスク シーケンス
以上
-o/--out/
--outfile=file マスクされたシーケンスを保存する出力ファイル。
-t/--type=s マスクしたいアライメントシーケンスのタイプ、
「ヒット」または「クエリ」シーケンス。 [デフォルトは「ヒット」です]
--minlen=n 使用する HSP の最小長
マスキング中 [デフォルト 0]
-h/--help このヘルプ情報を参照してください
著者 - ジェイソン スタジッチ
ジェイソン・スタジッチ、jason-at-bioperl-dot-org。
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_mask_by_searchp を使用する
