これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンドCorrect_abundances です。
プログラム：
NAME
correct_abundances - ゲノム存在量類似性補正ステップを実行します。
SYNOPSIS
正しい豊富さ 名前
DESCRIPTION
類似性補正ステップを実行します。
注: 読み取りマッパーを手動で実行したり、類似性を作成したりすることは可能ですが、
マトリックスを手動で作成する場合は、提供されている Python スクリプト「run_mappers.py」を使用することを強くお勧めします。
および「create_similarity_matrix.py」。
OPTIONS
名前: 名前ファイルのファイル名。 プレーンテキストの名前ファイルには、XNUMX つにつき XNUMX つの名前が含まれている必要があります。
ライン。 名前はアルゴリズム全体で識別子として使用されます。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-m スマット、 --類似度行列=スマット
類似度行列ファイルへのパス。 類似性マトリックスは同じものを使用して作成する必要があります。
NAMES ファイル。 [デフォルト: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM、 --samfiles=SAM
マッパーによって作成された SAM ファイルを指すパターン。 名前のプレースホルダー
は「%s」です。 [デフォルト: ./SAM/%s.sam]
-b ブート、 --ブートストラップ-サンプル=BOOT
ブートストラップ サンプルの数を設定します。 ブートストラップを無効にするには 1 を使用します [デフォルト: 100]
-o でる、 - 出力=OUT
結果を含むプレーンテキスト出力ファイル。 [デフォルト: ./results.txt]
onworks.net サービスを使用してオンラインでCorrect_abundances を使用する
