これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド coverageCount です。
プログラム：
NAME
coverageCount - 全体の各位置でマップされた読み取りのカバレッジをカウントします
リファレンスゲノム
DESCRIPTION
カバレッジカウント バージョン 1.5.0-p1
このプログラムは、各位置でマップされた読み取りのカバレッジを計算します。
参照ゲノム。 を連結して、各染色体のバイナリ ファイルを生成します。
4 バイトの整数としてのカバレッジ レベル。
使用法
カバレッジカウント [オプション] -i -o
必須の引数：
-i
SAM または BAM 形式の入力ファイルの名前。
-o
出力ファイルのプレフィックス。 各出力ファイルには XNUMX バイトの整数が含まれます
オプションの引数：
--maxMOp CIGAR 文字列で許可される「M」操作の最大数。
デフォルトでは 10 です。 'X' と '=' の両方が 'M' として扱われ、隣接する 'M' 操作は
CIGAR 文字列にマージされます。
カバレッジカウント バージョン 1.5.0-p1
このプログラムは、各位置でマップされた読み取りのカバレッジを計算します。
参照ゲノム。 を連結して、各染色体のバイナリ ファイルを生成します。
4 バイトの整数としてのカバレッジ レベル。
使用法
カバレッジカウント [オプション] -i -o
必須の引数：
-i
SAM または BAM 形式の入力ファイルの名前。
-o
出力ファイルのプレフィックス。 各出力ファイルには XNUMX バイトの整数が含まれます
オプションの引数：
--maxMOp CIGAR 文字列で許可される「M」操作の最大数。
デフォルトでは 10 です。 'X' と '=' の両方が 'M' として扱われ、隣接する 'M' 操作は
CIGAR 文字列にマージされます。
onworks.net サービスを使用して、coverageCount をオンラインで使用する
