これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド dialign-tx です。
プログラム：
NAME
dialign-tx - セグメントベースの複数配列アラインメント
SYNOPSIS
ダイアライン-tx [OPTIONS]{conf ディレクトリ}{ファスタファイル} [fasta-out-ファイル]
DESCRIPTION
DIALIGN-TX は、セグメントベースの複数タンパク質のアライメント用に改良されたアルゴリズムです。
DIALIGN-TX は、いくつかの機能を含むセグメントベースのアプローチを完全に再実装したものです。
出力の品質を大幅に向上させる新しい改善とヒューリスティック
DIALIGN 2.2 と比較したアライメント。 この重要な優位性は次の点で観察されています。
ローカルおよびグローバル アライメント ベンチマークでも同様です。
OPTIONS
-d
デバッグモード [デフォルト 0]
0 デバッグステートメントなし
1 処理の現在のフェーズをデバッグします
2 非常に多弁なデバッグ
5 ハードコアなデバッグ
-s
入力シーケンスの最大量 [デフォルト 5000]。
-a
FASTA ファイルの 100 行あたりの最大文字数 [デフォルトは XNUMX]。
-c
シーケンスを印刷するときの 80 行あたりの最大文字数 [デフォルト XNUMX]。
-l
感度モードでは、レベルが高いほど、偽のランダムなフラグメントが発生する可能性が低くなります。
ローカルアライメントで整列 [デフォルト 0]
0スイッチオフ
1 レベル-1、感度低下
2 レベル 2、感度が大幅に低下
-m
スコアマトリクスファイル名(設定ディレクトリ内) [DEFAULT PROTEIN: BLOSUM.scr]
/ [デフォルトの DNA: dna_matrix.scr]。
-w
重みの式を 1-pow(1-prob,actor) に変更した場合の最小重みを定義します
[デフォルト 0.000000065]。
-p
確率分布ファイル名 (設定ディレクトリ内) [DEFAULT PROTEIN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [デフォルトの DNA: dna_diag_prob_100_exp_550000]。
-v
各スコアに加算します (負の値を防ぐため) [デフォルト 0]。
-t
配列アライメントの低スコアの「偶数」閾値 [デフォルトのタンパク質: 4] / [デフォルト
DNA:0]。
-n
スコアの低いポジションを含むウィンドウの連続ポジションの最大数
[デフォルトのタンパク質: 4] / [デフォルトの DNA: 1]。
-g
停止基準のグローバル最小フラグメント長 [DEFAULT PROTEIN: 40] / [DEFAULT]
DNA:1]。
-m
スコアの低い位置を含むフラグ ウィンドウで許容される最小平均スコア [デフォルト]
タンパク質: 4.0] / [デフォルトの DNA: 0.9]。
-o
オーバーラップの重みを計算するかどうか [デフォルト 0]。
-f
最小フラグメント長 [デフォルト 1]。
-r
すべてのフラグメントを考慮するためのしきい値の重み [DEFAULT 0.0]。
-u
[デフォルト 0]
1: 隣接シーケンスの sqrt(amount_of_seqs) ストライプのみを使用して、
ペアごとのアライメントを計算します (パフォーマンスが向上します)。
0: すべてのペアワイズ アライメントが計算されます。
-A
オプションのアンカー ファイル。 [デフォルトなし]
-D
入力は DNA 配列です。
-T
DNA を最初から最後までアミノ酸に翻訳します (長さは mod 3 = 0 にカットされます)。
警告
使用しない -D このオプションを使用すると (PROTEIN 入力のデフォルト値がロードされます)。
-L
最長の Open Reading Frame のみを比較します。
警告
使用しない -D このオプションを使用すると (PROTEIN 入力のデフォルト値がロードされます)。
-O
DNA をアミノ酸に翻訳し、各配列のリーディング フレームを計算します。
最長のORF。
警告
使用しない -D このオプションを使用すると (PROTEIN 入力のデフォルト値がロードされます)。
-P
アミノ酸で出力され、DNA 配列の再翻訳は行われません [デフォルト: 入力 = 出力]。
-F
高速モード (すでに感度が大幅に低下しているため、-l0 を意味します)。
-C
確率テーブルを生成して /usr/share/dialign-tx/prob_table に保存して終了します。
-H, -h
このメッセージを印刷します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで dialign-tx を使用する
