これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド domainresoe です。
プログラム：
NAME
Domainreso - DCF ファイルから低解像度のドメインを削除します。
SYNOPSIS
ドメインレソ -cpdbpath ディレクトリリスト -dcfinfile ファイル内 -しきい値 フロート -dcfoutファイル アウトファイル
ドメインレソ -助けて
DESCRIPTION
ドメインレソ EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「PROTEIN:3D STRUCTURE」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-cpdbpath ディレクトリリスト
このオプションは、ドメイン CCF ファイル (クリーン座標ファイル) の場所を指定します。
（入力）。 「クリーンな座標ファイル」には、単一の PDB の座標およびその他のデータが含まれています
SCOP または CATH からの CCF 形式 (EMBL のような) ファイルまたは単一のドメイン。 ファイル、
PDBPARSE (pdb ファイル) または DOMAINER (ドメイン) を使用して生成され、「クリーンアップ」が含まれています
自己一貫性があり、エラーが修正されたデータ。 残留溶剤の記録
アクセシビリティと二次構造は、PDBPLUS を使用してファイルに追加されます。 デフォルト
価値： 。/
-dcfinfile ファイル内
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（入力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
DOMAINSEQS。
必須
-しきい値 フロート
このオプションは、包含のしきい値 (オングストローム) を指定します。 を超えるドメイン
含めるしきい値 (オングストローム) は出力ファイルには指定されません。 デフォルト
値：2.8
出力
-dcfoutファイル アウトファイル
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（出力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
DOMAINSEQS。 デフォルト値：test.scop
onworks.netサービスを使用してオンラインでdomainresoeを使用する
