dsr2xml - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

dsr2xml - DICOM SR ファイルとデータセットを XML に変換します

SYNOPSIS

dsr2xml [オプション] dsrfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

この dsr2xml DICOM Structured Reporting (SR) ドキュメントのコンテンツを変換するユーティリティ
(ファイル形式または生データセット) を XML (拡張マークアップ言語) に変換します。 XML スキーマ
dsr2xml.xsd まだ標準フォーマットに従っていません。 しかし dsr2xml
将来的にはこの点が強化される可能性があります (HL7/CDA のサポートなど)。
ドキュメント アーキテクチャ)。

If dsr2xml 生データセット（ファイル形式のメタヘッダーのないDICOMデータ）を読み取ります
ファイルの最初の数バイトを調べて、転送構文を推測してみてください。 です
転送構文を正しく推測できるとは限らないため、
可能な限りファイル形式にデータセット（ dcmconv 効用）。 それも
使用可能 -f と -t [ieb] 強制するオプション dsr2xml データセットを読み取るには
特定の転送構文。

パラメーター

dsrfile-in 変換する DICOM SR 入力ファイル名

xmlfile-out XML 出力ファイル名 (デフォルト: stdout)

OPTIONS

一般的な オプション
-h --ヘルプ
このヘルプテキストを印刷して終了します

- バージョン
バージョン情報を印刷して終了します

-引数
拡張されたコマンドライン引数を出力する

-q -- 静かに
クワイエットモード、警告やエラーを出力しない

-v --verbose
詳細モード、印刷処理の詳細

-d --デバッグ
デバッグモード、デバッグ情報の出力

-ll --log-level [l] evel：文字列定数
（致命的、エラー、警告、情報、デバッグ、トレース）
ロガーにはレベルlを使用します

-lc --log-config [f] ilename：文字列
ロガーには設定ファイルfを使用します

オプション
入力ファイル形式：

+ f --read-file
ファイル形式またはデータセットの読み取り（デフォルト）

+ fo--read-file-only
読み取りファイル形式のみ

-f --read-dataset
ファイルメタ情報なしでデータセットを読み取る

入力転送構文：

-t = --read-xfer-auto
TS認識を使用（デフォルト）

-td--read-xfer-detect
ファイルメタヘッダーで指定されたTSを無視します

-te --read-xfer-little
明示的なVRリトルエンディアンTSで読む

-tb --read-xfer-big
明示的なVRビッグエンディアンTSで読む

-ti--read-xfer-implicit
暗黙のVRリトルエンディアンTSで読む

処理 オプション
エラー処理：

-Er--unknown-relationship
不明/欠落している関係タイプを受け入れる

-Ev--invalid-item-value
無効なコンテンツアイテム値を受け入れる
（例：VRまたはVM定義の違反）

-Ec--ignore-constraints
関係コンテンツの制約を無視する

-Ee--ignore-item-errors
コンテンツアイテムのエラーで中止しないでください。警告するだけです。
（たとえば、値タイプ固有の属性が欠落しています）

-Ei--skip-invalid-items
無効なコンテンツ項目をスキップします (サブツリーを含む)

-Dv--disable-vr-checker
VR準拠の文字列値のチェックを無効にする

特定の文字セット：

+ Cr--charset-require
拡張文字セットの宣言が必要（デフォルト）

+ Ca --charset-assume [c] harset：string
拡張文字セットが宣言されていない場合は、文字セットcを想定します

+Cc --charset-check-all
文字列値を持つすべてのデータ要素を確認してください
（デフォルト：PN、LO、LT、SH、ST、およびUTのみ）

＃このオプションは、適切なものへのマッピングにのみ使用されます
# XML 文字エンコーディング、ただし UTF-8 への変換は対象外

+ U8 --convert-to-utf8
影響を受けるすべての要素値を変換します
特定の文字セット（0008,0005）からUTF-8

＃libiconvツールキットからのサポートが必要

出力 オプション
エンコーディング：

+Ea --attr-all
すべてを XML 属性としてエンコードする
(+Ec、+Er、+Ev、+Et のショートカット)

+Ec --attr-code
エンコードコード値、コーディングスキーム指定子
XML 属性としてのコーディング スキームのバージョン

+Er --attr-relationship
関係タイプを XML 属性としてエンコードする

+Ev --attr-value-type
値の型を XML 属性としてエンコードする

+Et --attr-template-id
テンプレートIDをXML属性としてエンコードする

+Ee --テンプレートエンベロープ
template要素はコンテンツアイテムを囲みます
(+Wt が必要、+Et を意味します)

XML構造：

+Xs --add-schema-reference
XML スキーマ「dsr2xml.xsd」への参照を追加
(+Ea、+Ec、+Er、+Ev、+Et、+Ee、+We は除く)

+Xn --use-xml-namespace
XML名前空間宣言をルート要素に追加

書き込み：

+私たちは --write-empty-tags
値が空であってもすべてのタグを書き込みます

+Wi --write-item-id
常に項目識別子を書き込む

+Wt --書き込みテンプレート ID
テンプレート識別情報を書き込む

注意事項

DICOM 適合
この dsr2xml ユーティリティは、次のSOPクラスをサポートします。

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAnd VolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
拡張SRストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
包括的 SRS ストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
包括的な 3DSR ストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
プロシージャログストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
マンモグラフィCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
胸CADSRストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRay放射線量SRSストレージ1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
放射性医薬品放射線量SRSストレージ1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
コロンCADSRストレージ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

現在、必須属性と一部のオプション属性のみがサポートされていることに注意してください。

文字 エンコーディング
XML エンコーディングは DICOM 属性 (0008,0005) から自動的に決定されます。
次のマッピングを使用した「特定の文字セット」：

ASCII (ISO_IR 6) => 「UTF-8」
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
キリル文字 "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
アラビア語 "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
ギリシャ語 "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
ヘブライ語 "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

このDICOM属性が入力ファイルにない場合は、必要ですが、オプション - 文字コード-
引き受けます 適切な文字セットを手動で指定するために使用できます（
DICOMで定義された用語）。

複数の文字セットはサポートされていません（最初の属性値のみがマップされます）
値の多重度の場合）。 必要に応じて、オプション ---utf8 に変換 変換に使用できます
DICOM ファイルまたはデータは、XML 形式に変換する前に UTF-8 エンコーディングに設定されます。

ERROR 取り扱い
加工オプションにご注意ください --不明な関係, --無効なアイテム-
値, --ignore-制約, --ignore-item-errors と --無効なアイテムをスキップ 彼ら以来
DICOM SR 入力ファイルの特定の検証チェックを無効にするため、次のような結果が生じる可能性があります。
非標準準拠の出力です。 ただし、XNUMX つ以上のオプションを使用する理由がある場合があります。
たとえば、誤ってエンコードされた SR ドキュメントを読み取って処理する場合などに、これらのオプションを選択できます。

製品制限
XML スキーマ dsr2xml.xsd のすべてのバリエーションをサポートしているわけではありません dsr2xml 出力フォーマット。
ただし、デフォルトの出力形式（およびオプション） --use-xml-namespace) 動作するはずです。

ロギング

さまざまなコマンドラインツールと基盤となるライブラリのログ出力のレベルは、
ユーザーが指定します。 デフォルトでは、エラーと警告のみが標準に書き込まれます
エラーストリーム。 オプションの使用 -詳細 処理の詳細などの情報メッセージもあります
報告されています。 オプション - デバッグ 内部アクティビティの詳細を取得するために使用できます。
たとえば、デバッグの目的で。 オプションを使用して、他のログレベルを選択できます - ログ-
レベル。 に - 静かな モードのみの致命的なエラーが報告されます。 このような非常に重大なエラーイベントでは、
通常、アプリケーションは終了します。 さまざまなログレベルの詳細については、
モジュール 'oflog'のドキュメントを参照してください。

ロギング出力をファイルに書き込む必要がある場合（オプションでログファイルローテーションを使用）、
syslog（Unix）またはイベントログ（Windows）オプションへ --log-config に使える。 この
構成ファイルでは、特定のメッセージのみを特定の出力に送信することもできます
ストリームおよびモジュールまたはアプリケーションに基づいて特定のメッセージをフィルタリングするため
が生成されます。 構成ファイルの例は、に提供されています。 /logger.cfg.

COMMAND LINE

すべてのコマンドラインツールは、パラメータに次の表記を使用します。角かっこで囲みます
オプションの値（0-1）、末尾のXNUMXつのドットは、複数の値が許可されていることを示します
（1-n）、両方の組み合わせは0からnの値を意味します。

コマンドラインオプションは、先頭の「+」または「-」記号によってパラメータと区別されます。
それぞれ。 通常、コマンドラインオプションの順序と位置は任意です（つまり、
どこにでも表示できます）。 ただし、オプションが相互に排他的である場合、右端の外観
使用されている。 この動作は、一般的なUnixシェルの標準的な評価ルールに準拠しています。

さらに、XNUMXつ以上のコマンドファイルは、接頭辞として「@」記号を使用して指定できます。
ファイル名（例： @ command.txt）。 このようなコマンド引数は、次の内容に置き換えられます。
対応するテキストファイル（複数の空白は、次の場合を除いて単一の区切り文字として扱われます）
さらに評価する前に、XNUMXつの引用符の間に表示されます）。 その点に注意してください
コマンドファイルに別のコマンドファイルを含めることはできません。 このシンプルだが効果的なアプローチ
オプション/パラメータの一般的な組み合わせを要約することができ、長くなり、
紛らわしいコマンドライン（例はファイルで提供されています /dumppat.txt).

ENVIRONMENT

この dsr2xml ユーティリティは、で指定されたDICOMデータディクショナリを読み込もうとします。
DCMDICTPATH 環境変数。 デフォルトでは、つまり DCMDICTPATH 環境変数
設定されていない、ファイル /dicom.dic 辞書が作成されない限りロードされます
アプリケーションに（Windowsのデフォルト）。

デフォルトの動作が優先され、 DCMDICTPATH 環境変数のみ
代替データディクショナリが必要な場合に使用されます。 NS DCMDICTPATH 環境変数
Unixシェルと同じ形式です パス コロン（ '：'）で区切る変数
エントリ。 Windowsシステムでは、セミコロン（ ';'）が区切り文字として使用されます。 データディクショナリ
コードは、で指定された各ファイルをロードしようとします DCMDICTPATH 環境変数。 それ
データディクショナリをロードできない場合はエラーです。

onworks.net サービスを使用してオンラインで dsr2xml を使用する