これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド exonpairs です。
プログラム：
NAME
exonpairs - SNAP モジュール exonpairs
SYNOPSIS
エクソンペア [オプション]HMM file>>ファスタ file> [オプション]
OPTIONS
-min-イントロン
最小イントロン長 [30]
-マックスイントロン
最大イントロン長 [10000]
-einit-length
bp 単位の最小EInit長 [10]
-eterm-長さ
bp 単位の最小 Eterm 長 [10]
-エクソンの長さ
bp 単位の最小エクソン長 [30]
-イントロンスコア ビット単位の最小イントロン スコア [-5]
-einit-スコア
ビット単位の最小EInitスコア[-5]
-eterm-スコア
ビット単位の最小 Eterm スコア [-5]
-エクソンスコア
ビット単位の最小エクソンスコア [-5]
-ペアスコア
最小ペアスコア (エクソン-イントロン-エクソン) [10]
-フランク長さ
エクソンあたりの隣接配列の長さ [20]
-lcmask
小文字を N として扱う
onworks.net サービスを使用してオンラインで exonpairs を使用する
