これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fahash です。
プログラム：
NAME
fahash - リバース e-PCR 用のシーケンス ハッシュ ビルダー
SYNOPSIS
ファハッシュ [-hV] -b ハッシュファイル [-w wdsize] [-f period] [-F flagment_min,fragment_max] [-k] [-c
キャッシュサイズ] [-v 1|2] famap ファイル ...
ファハッシュ [-hV] -T ハッシュファイル [-o 出力ファイル]
DESCRIPTION
プログラム ファハシュ e-PCR スイートの一部であり、ハッシュ ファイルの構築と出力に使用されます。
逆 e-PCR 検索の単語使用統計。
OPTIONS
-b ハッシュファイル
シーケンスファイルからハッシュテーブル（ハッシュファイル）を構築します。
-T ハッシュファイル
ハッシュファイルの単語使用統計を出力する
-o アウトファイル
出力をファイル「outfile」に書き込みます
ビルドオプション:
-w ワードサイズ
ハッシュ テーブルを構築するときにワード サイズを設定する
-f 期間
ハッシュテーブルを構築するときに不連続性を設定する
-k ハッシュファイルを構築するときに繰り返しをスキップする
-F 最小、最大
フラグメント サイズ (MB 単位) のウォーターマークを設定します (バージョン 1 のみ)
-c キャッシュサイズ
キャッシュ サイズの設定 (バージョン 2 のみ)
-v ver 使用フォーマットのバージョン (1|2、2 がデフォルト)
実施例
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
見る ファマップ（1）と 再PCR(1)
onworks.net サービスを使用してオンラインで fahash を使用する