これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fastq_masker です。
プログラム：
NAME
fastq_masker - 品質に基づいてヌクレオチドを「N」（または他の文字）でマスクします。
DESCRIPTION
使用法: fastq_masker [-h] [-v] [-q N] [-r C] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] FASTX の一部
ツールキット 0.0.14 by A. Gordon ([メール保護])
[-h] =この役立つヘルプ画面。
[-q N] = 品質しきい値 - 品質の低いヌクレオチドはマスクされます。
デフォルトは10です。
[-r C] = 低品質のヌクレオチドを文字 C に置き換えます。デフォルトは「N」です。
[-z] = GZIP を使用して出力を圧縮します。
[-i インファイル]
= FASTQ 入力ファイル。 デフォルトはSTDINです。
[-o OUTFILE] = FASTQ 出力ファイル。 デフォルトはSTDOUTです。 [-v] = 詳細 -
シーケンスの数を報告します。
[-o]を指定した場合、
レポートは STDOUT に出力されます。
[-o] が指定されていない場合 (出力は STDOUT に送られます)、レポートは次の場所に出力されます。
標準偏差。
onworks.net サービスを使用してオンラインで fastq_masker を使用する
