これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gaeval です。
プログラム：
NAME
gaeval - 転写物に基づいて遺伝子モデルのカバレッジと整合性スコアを計算します
アラインメント
SYNOPSIS
ゲーバル [オプション] アライメント.gff3 遺伝子.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIPTION
基本オプション：
-h|-ヘルプ
このヘルプメッセージを印刷して終了します
-v|--バージョン
バージョン番号を出力して終了します
完全性スコアを計算するための重み (合計が 1.0 になる必要があります):
-a|--アルファ: ダブル
確認されたイントロン、または単一エクソン遺伝子の予想される CDS 長の割合。 デフォルトは0.6です
-b|--ベータ: ダブル
エクソンの範囲。 デフォルトは0.3です
-g|--ガンマ: ダブル
% 予想される 5' UTR 長。 デフォルトは0.05です
-e|--イプシロン: ダブル
% 予想される 3' UTR 長。 デフォルトは0.05です
完全性スコアを計算するために予想される特徴長:
-c|--exp-cds: INT
予想される CDS の長さ (bp 単位)。 デフォルトは400です
-5|--exp-5putr: INT
予想される 5' UTR 長。 デフォルトは200です
-3|--exp-3putr: INT
予想される 3' UTR 長。 デフォルトは100です
onworks.net サービスを使用して gaeval オンラインを使用する
