これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンドgeneXNUMXxmlです。
プログラム：
NAME
gene2xml - NCBI Entrez Gen ASN.1 を XML に変換します
SYNOPSIS
遺伝子2xml [-] [-b] [-c] [-i ファイル名] [-l] [-o ファイル名] [-p path] [-r path] [-t N] [-x]
[-y] [-z]
DESCRIPTION
遺伝子2xml は、Entrez Gene ASN.1 を XML に変換するスタンドアロン プログラムです。 アントレジーン
データは圧縮バイナリ Entrezgene-Set ASN.1 ファイルとして NCBI FTP サイトに保存されます。
接尾辞が付いています .ags.gz。 これらは、圧縮された XML ファイルよりも数倍小さくなります。
その結果、ディスク ストレージとネットワーク帯域幅が大幅に節約されます。 普通
gene2xml による処理では、同じ名前で次の内容のテキスト XML ファイルが生成されます。 .xgs として
サフィックス。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
- 使用状況メッセージを印刷する
-b ファイルはバイナリです
-c ファイルは圧縮されています
-i ファイル名
単一の入力ファイル (デフォルトでは標準入力) を使用しない場合 -p
-l ログ処理（使用時に処理されるファイルのリスト） -p)
-o ファイル名
使用しない場合の単一の出力ファイル (デフォルトでは標準出力) -p
-p path
ファイルへのパス (ディレクトリ全体を処理する場合)
-r path
使用時の結果のパス -p; デフォルトは入力ディレクトリです
-t N 指定された分類群 ID に制限します ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)
-x .ags をテキスト .agc に抽出します (以前に配布された形式)
-y .agc をテキスト .ags に結合します (テスト用)
-z .agc をバイナリ .ags に結合してから gzip
onworks.net サービスを使用してオンラインでgene2xmlを使用する
