これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの2つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドglamXNUMXformatです。
プログラム：
NAME
glam2format-GLAM2モチーフをFASTAまたはMSF形式に変換します
SYNOPSIS
グラム2フォーマット [オプション] 私の形式 my_motif.glam2
フォーマット：fasta、msf。
DESCRIPTION
グラム2フォーマット によって見つけられたモチーフを読みます グラム2、標準の配置形式で書き込みます
（FASTA-with-gapsまたはMSF）。 これにより、アライメントをサードパーティのソフトウェアに渡すことができます。
Kalignvu、Boxshade、WebLogoなどのグラフィカルな視覚化ツールを含みます。 に
一方、すべてのモチーフ情報が保持されるわけではありません。特に、重要な位置
失われます。 のトップモチーフのみ グラム2 出力が変換されます。
OPTIONS （ディフォルト 設定）
-o
出力ファイル（(Linuxで言うところのstdout）).
-c
コンパクトに配置します。 デフォルトでは、キー位置の間に挿入される残基
互いに整列していないものとして書かれています。 これは最もよく反映されます グラム2の意図ですが、それは
アライメントを大きくしてギャップを埋めることができます。 と -c、挿入された残基が書き込まれます
それらがに表示されるのと同じように、互いに任意に整列します グラム2 出力。
-f
から隣接するシーケンスを追加することによって「グローバル」アラインメントを作成するためのシーケンスファイル
オリジナルのFASTA形式のシーケンスファイル。 隣接するシーケンスは、次のいずれかとして記述されます。
に応じて、互いに位置合わせされていないか、任意に位置合わせされています -c オプション。 ザ·
シーケンスには一意の名前を付け、順序は変更しないでください。
onworks.netサービスを使用してオンラインでglam2formatを使用する
