これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-bar です。
プログラム：
NAME
gmx-bar - Bennett の受容率から自由エネルギー差の推定値を計算する
SYNOPSIS
gmx バー [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-オイ [<.xvg>]] [-おお [<.xvg>]] [-[今] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-臨時雇用者 ] [-プレ ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[いいえ]extp]
DESCRIPTION
GMX バー ベネットの受容率から自由エネルギー差の推定値を計算します
メソッド (BAR)。 また、で得られた一連の個々の自由エネルギーを自動的に追加します
結合された自由エネルギー推定値への BAR。
個々の BAR 自由エネルギーの差はすべて、異なる状態での XNUMX つのシミュレーションに依存しています。
パラメータ lambda によって制御されるように、状態 A と状態 B とします ( .mdp パラメーター
init_lambda）。 BAR メソッドは、ハミルトニアンの加重平均の比率を計算します。
状態 A が与えられた状態 B の違い、およびその逆。 他とのエネルギーの違い
状態は、シミュレーション中に明示的に計算する必要があります。 これは、 .mdp
オプション 外部_ラムダ.
入力オプション -f 複数を期待する dhdl.xvg ファイル。 次の XNUMX 種類の入力ファイルがサポートされています。
・複数あるファイル y-価値。 ファイルには、dH/dlambda と
デルタラムダ。 ラムダ値は凡例から推測されます:
dH/dlambda の凡例からのシミュレーションと、
デルタHの伝説
・XNUMXつしかないファイル y-価値。 を使用して -extp これらのファイルのオプションは、
その y-value は dH/dlambda であり、ハミルトニアンは直線的にラムダに依存します。
シミュレーションのラムダ値は、サブタイトル (存在する場合) から推測されます。
それ以外の場合は、ファイル名のサブディレクトリ内の番号から。
シミュレーションのラムダはから解析されます dhdl.xvg 文字列を含むファイルの凡例
'dH'、大文字の 'D' を含む凡例からの外部ラムダ値と
「ひ」。 温度は、「T =」を含む凡例行から解析されます。
入力オプション -g 複数を期待する .edr ファイル。 これらには、エネルギーのリストのいずれかを含めることができます
違い (を参照してください .mdp オプション 個別のdhdl_ファイル)、または一連のヒストグラム (
.mdp オプション dh_hist_size と dh_hist_spacing）。 温度とラムダ値は
から自動的に推定される エネルギー.edr ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
に加え .mdp オプション 外部_ラムダ、エネルギー差も
dH/dlambda 値から推定。 これは、``-extp`` オプションで行われます。
システムのハミルトニアンがラムダに線形に依存すると仮定しますが、これは通常はありません。
ケース。
自由エネルギーの推定値は、二分法を含む BAR を使用して、次の精度で決定されます。
で設定された出力 -プレ. 時間相関を考慮した誤差推定値は次のとおりです。
データをブロックに分割し、自由エネルギーの差を決定することによって作成されます
これらのブロックと、ブロックが独立していると仮定します。 最終的な誤差推定値は次のとおりです。
5 ブロックの平均分散から決定されます。 エラーのブロック番号の範囲
オプションでお見積り可能です -nbmin と -nbmax.
GMX バー 同じ「ネイティブ」および「外部」ラムダ値でサンプルを集約しようとしますが、
は常に独立したサンプルを想定しています。 注意 エネルギーを集めるとき
サンプリング間隔が異なる差分/導関数、これはほぼ確実にそうではありません
正しい。 通常、後続のエネルギーは相関しており、異なる時間間隔が意味します
サンプル間の相関度が異なります。
結果は XNUMX つの部分に分かれています。最後の部分には最終結果が kJ/mol で含まれています。
各部品と合計の誤差推定値とともに。 最初の部分は含まれています
詳細な自由エネルギー差の推定値と位相空間オーバーラップ測定 (kT 単位)
（計算された誤差推定値とともに）。 出力される値は次のとおりです。
· lam_A: ポイント A のラムダ値。
· lam_B: ポイント B のラムダ値。
· DG: 自由エネルギーの推定。
· s_A: A における B の相対エントロピーの推定。
· s_B: B における A の相対エントロピーの推定。
· stdev: サンプルごとの標準偏差の推定値。
互いのアンサンブルにおける両方の状態の相対エントロピーは、次のように解釈できます。
位相空間の重なりの尺度: lambda_B の作業サンプルの相対エントロピー s_A
lambda_A のアンサンブル (および s_B の場合はその逆) では、「距離」の測定値です。
XNUMX つの状態のボルツマン分布の間で、同一の場合はゼロになります。
ディストリビューション。 Ｗｕ＆Ｋｏｆｋｅ、Ｊ．Ｃｈｅｍ． 物理。 詳細については、123 084109 (2005) を参照してください。
ベネットのオリジナルで与えられた、サンプルごとの標準偏差の推定値
ＢＡＲ紙：Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｊ．Ｃｏｍｐ． 物理。 22, p.245 (1976)。 式。 その中の10は、
サンプリングの質 (実際の統計誤差を直接的に反映するものではありません。
独立したサンプル)。
位相空間のオーバーラップを視覚的に推定するには、 -おお 一連の書き込みオプション
ヒストグラムと -nbin オプションを選択します。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xvg> [...]] （dhdl.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-g [<.edr> [...]] （ener.edr） （オプション）
エネルギーファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (bar.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-オイ [<.xvg>] (barint.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-おお [<.xvg>] (ヒストグラム.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps と .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-b (0)
BAR開始時間
-e （-1）
BARの終了時間
-臨時雇用者 （-1）
温度（K）
-プレ (2)
小数点以下の桁数
-nbmin (5)
誤差推定のためのブロックの最小数
-nbmax (5)
エラー推定の最大ブロック数
-nbin (100)
ヒストグラム出力のビン数
-[いいえ]extp （いいえ）
エネルギーとして使用する dH/dl 値を線形外挿するかどうか
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-bar を使用する
