gmx-chi - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-chi - カイと他の二面体について知りたいことをすべて計算します

SYNOPSIS

gmxカイ[-s [<.gro / .g96 / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-NS [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-p [<.pdb>]] [-jc [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-ot [<.xvg>]] [-おお [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]
[-cp [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[今]
[-xvg ] [-r0 ] [-[いいえ]ファイ] [-[いいえ]psi] [-[いいえ]オメガ]
[-[いいえ]ラマ] [-[いいえ]ヴィオール] [-[いいえ]定期的] [-[いいえ]すべて] [-[いいえ]ラッド]
[-[なし]シフト] [-binwidth ] [-core_rotamer ]
[-マキシ ] [-[いいえ]ノルミスト] [-[いいえ]ラモメガ]
[-bfact ] [-[no]chi_prod] [-[の]ち] [-bmax ]
[-アクレン ] [-[no]正規化] [-P ] [-fitfn ]
[-開始 ] [-エンドフィット ]

DESCRIPTION

GMX chi すべてのアミノ酸骨格のファイ、プサイ、オメガ、カイ二面体を計算し、
サイドチェーン。 二面角を時間の関数として、またヒストグラムとして計算できます。
配布物。 配布物 (ヒスト-(二面体)(残余).xvg) はすべて累積されます
それぞれのタイプの残基。

オプションの場合 -corr が与えられると、プログラムは二面体自己相関関数を計算します。
使用される関数は C(t) = 。 むしろコサインの使用
角度そのものよりも、周期性の問題を解決します。 (ファン・デル・スポール&ベレンセン)
（1997）、Biophys。 J. 72、2032-2041)。 各剰余の二面角ごとに個別のファイル
(corr(二面体)(RESIDUE)(nresnr).xvg) が出力されるほか、
すべての残基の情報 (引数 -corr).

オプションを使用すると -すべて、各剰余の時間の関数として角度自体が出力されます。
ファイルを分割する (二面体)(残余)(nresnr).xvg。 これらはラジアンまたは度で指定できます。

ログファイル(引数 -g）とも書かれています。 これには、

· 各タイプの残基の数に関する情報。

· Karplus 方程式からの NMR ^3J 結合定数。

· 各残基ごとの回転異性体間の遷移数の表
ナノ秒、および各二面体の次数パラメータ S^2。

・回転異性体占有率の各残基の表。

平面基に対するオメガおよびカイ二面体を除き、すべての回転異性体は 3 重構造であると見なされます。
(つまり、芳香族化合物、Asp および Asn の chi_2、Glu および Gln の chi_3、および Arg の chi_4)。
2倍。 「回転異性体０」は、二面体が各回転異性体のコア領域になかったことを意味する。
コア領域の幅は次のように設定できます。 -core_rotamer

S^2 次数パラメータも出力されます。 .xvg ファイル(引数 -o )、オプションで
a .pdb B 因子として S^2 値を含むファイル (引数 -p）。 回転異性体の総数
タイムステップごとの遷移 (引数 -ot)、回転異性体あたりの遷移の数 (引数
-rt)、および ^3J カップリング (引数 -jc)、に書き込むこともできます .xvg ファイル。 ご了承ください
回転異性体遷移の分析では、提供された軌道フレームが
時間的には等間隔。

If -chi_prod が設定されています（そして -マキシ > 0)、累積回転異性体、例
1+9(chi_1-1)+3(chi_2-1)+(chi_3-1) (剰余が 3 つの XNUMX 重二面体を持ち、 -マキシ
>= 3) が計算されます。 前と同様、コア領域に二面体がない場合、回転異性体は
これらの累積的な回転異性体の占有率 (回転異性体 0 から始まる) は次のとおりです。
の引数であるファイルに書き込まれます -cp、そして -すべて フラグが与えられると、
回転異性体は時間の関数として次のように書き込まれます。 chiproduct(RESIDUE)(nresnr).xvg とその
への占有 histo-chiproduct(RESIDUE)(nresnr).xvg.

オプション -r ファイの関数として平均オメガ角度の等高線図を生成します。
および psi 角度。つまり、ラマチャンドラン プロットでは、平均オメガ角度が次を使用してプロットされます。
色分け。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-s [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-NS [<.dat>] (ssdump.dat) （オプション）
一般的なデータファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.xvg>] （order.xvg）
xvgr / xmgrファイル

-p [<.pdb>] (注文.pdb) （オプション）
タンパク質データバンクファイル

-jc [<.xvg>] (Jcoupling.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-corr [<.xvg>] (dihcorr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-g [<.log>] (chi.log)
ログファイル

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-おお [<.xvg>] (trhisto.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-rt [<.xvg>] (restrans.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-cp [<.xvg>] (chiprodhisto.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps と .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-r0 (1)
出発残渣

-[いいえ]ファイ （いいえ）
ファイ二面角の出力

-[いいえ]psi （いいえ）
psi 二面角の出力

-[いいえ]オメガ （いいえ）
オメガ二面体（ペプチド結合）の出力

-[いいえ]ラマ （いいえ）
phi/psi および chi_1/chi_2 ラマチャンドラン プロットを生成する

-[いいえ]ヴィオール （いいえ）
違反したラマチャンドラン角度に対して 0 または 1 を与えるファイルを作成します

-[いいえ]定期的 （はい）
360 度を法とする上反角を印刷します

-[いいえ]すべて （いいえ）
二面体ごとに個別のファイルを出力します。

-[いいえ]ラッド （いいえ）
角度と時間のファイルでは、度ではなくラジアンを使用します。

-[なし]シフト （いいえ）
ファイ/プサイ角度から化学シフトを計算

-binwidth (1)
ヒストグラムのビン幅 (度)

-core_rotamer (0.5)
中央だけ -core_rotamer*(360/多重度) は各回転異性体に属します (残りは
回転異性体 0 に割り当てられます)

-マキシ (0)
最初の ndih chi 二面角を計算します: 0、1、2、3、4、5、6

-[いいえ]ノルミスト （はい）
ヒストグラムを正規化する

-[いいえ]ラモメガ （いいえ）
平均オメガを phi/psi の関数として計算し、それをプロットします。 .xpm プロット

-bfact （-1）
B ファクター値 .pdb 計算された二面角秩序パラメータを持たない原子のファイル

-[no]chi_prod （いいえ）
各残基について単一の累積回転異性体を計算します

-[の]ち （いいえ）
側鎖水素に二面体を含める

-bmax (0)
二面体を構成する原子の最大 B ファクター (二面体について)
統計で考慮される角度。 多数のデータベース作業に適用されます。
X線構造が解析されます。 -bmax <= 0 は制限がないことを意味します。

-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です

-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する

-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3

-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間

-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end

KNOWN 問題

· 多くの出力ファイルを生成します (タンパク質の残基数の最大約 4 倍、
自己相関関数が計算される場合は XNUMX 倍になります)。 通常は数百のファイル
出力されます。

· ファイと psi の二面角は、ファイに HN-CA-C を使用する非標準的な方法で計算されます。
C(-)-N-CA-C の代わりに、psi の場合は N-CA-CN(+) の代わりに N-CA-CO を使用します。 これは〜をひき起こす
他のツールの出力との（通常は小さい）相違 GMX ラマ.

· -r0 オプションが正しく機能しない

· 多重度 2 の回転異性体は、 カイログ あたかも多重度 3 を持っているかのように、
3 番目 (g(+)) は常に確率 0

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