これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-confrms です。
プログラム：
NAME
gmx-confrms - XNUMX つの構造を適合させ、RMSD を計算します
SYNOPSIS
gmx は [-f1 [<.tpr / .gro / ...>]] [-f2 [<.gro / .g96 / ...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]]
[-番号 [<.ndx>]] [-[今] [-[誰も] [-[no] mw] [-[no] pbc]
[-[no]適合] [-[ノーネーム] [-[no]ラベル] [-[いいえ]bfac]
DESCRIPTION
GMX 確認 後の XNUMX つの構造の二乗平均平方根偏差 (RMSD) を計算します。
XNUMX 番目の構造を最初の構造に当てはめる最小二乗法。 XNUMX つの構造はそうではありません。
同じ数の原子を持つ必要があるため、フィットに使用される XNUMX つのインデックス グループのみが必要です。
同一であること。 と -名前 選択したグループの一致する原子名のみが使用されます
フィットとRMSDの計算用。 これは、タンパク質の変異体を比較するときに役立ちます。
重ね合わせた構造はファイルに書き込まれます。 で .pdb ファイルの XNUMX つの構造は次のようになります
別個のモデルとして記述されます (使用 ラスモール -nmrpdb）。 また、 .pdb ファイル、計算された B ファクター
アトミックの MSD 値は次のように書き込むことができます。 -bfac.
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f1 [<.tpr / .gro / ...>] (conf1.gro)
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-f2 [<.gro / .g96 / ...>] (conf2.gro)
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) （オプション）
インデックスファイル
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.gro / .g96 / ...>] (fit.pdb)
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp
-番号 [<.ndx>] (マッチ.ndx) （オプション）
インデックスファイル
その他のオプション：
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps と .pdb ファイル
-[誰も （いいえ）
適合した構造のみをファイルに書き込みます
-[no] mw （はい）
質量加重フィッティングとRMSD
-[no] pbc （いいえ）
分子を再び完全なものにしようとする
-[no]適合 （はい）
最小二乗法によりターゲット構造を参照に重ね合わせます。
-[ノーネーム （いいえ）
一致する原子名のみを比較する
-[no]ラベル （いいえ）
最初の構造にチェーン ラベル A、XNUMX 番目の構造に B を追加しました
-[いいえ]bfac （いいえ）
アトミック MSD 値から B ファクターを出力
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-confrms を使用する