gmx-freevolume - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-freevolume - 空きボリュームを計算する

SYNOPSIS

gmx フリーボリューム [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-あなた ] [-xvg ] [-[no] rmpbc]
[-sf ] [-セルポス ] [-選択する ]
[-半径 ] [-シード ] [-ニンインサート ]

DESCRIPTION

GMX 空きボリューム ボックス内の空き容量を時間の関数として計算します。 無料ボリューム
は総体積の割合としてプロットされます。 プログラムは、次のようなプローブを挿入しようとします。
与えられた半径をシミュレーションボックスに入力し、プローブと原子間の距離が
両方の原子のファンデルワールス半径の合計より小さい場合、その位置は考慮されます
占領されている、つまり自由ではないこと。 プローブ半径 0 を使用すると、真の空きボリュームは次のようになります。
計算された。 より大きな半径、たとえば 0.14 nm を使用すると、おおよそ水に相当します。
分子に応じて、そのサイズの仮想粒子の自由体積が生成されます。
ただし、原子は硬い球として扱われるため、これらの数は非常に大きくなることに注意してください。
おおよその変化であり、通常は相対的な変化のみが意味を持ちます。たとえば、
異なる温度での一連のシミュレーション。

選択によって指定されたグループは、非空きボリュームを表すものとみなされます。 の
収束した結果を得るには、単位体積あたりの挿入数が重要です。 だいたい
1000/nm^3 は、変動によって決定される全体の標準偏差を生成します。
乱数による変動ではなく、軌道を追跡します。

結果はファンデルワールス半径に大きく依存します。 を使用することをお勧めします
Bondi (1964) による値。

一部の作成者が好んで使用するフラクショナル フリー ボリューム (FFV) は、1 - 1.3*(1-Free) で与えられます。
音量）。 この値は端末に表示されます。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
入力軌道または単一構成： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
入力構造： tpr gro g96 pdb 壊れた

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
追加のインデックスグループ

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.xvg>] (freevolume.xvg) （オプション）
計算された空きボリューム

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt ==初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s

-xvg （xmgrace）
プロットの書式設定：なし、xmgrace、xmgr

-[no] rmpbc （はい）
フレームごとに分子全体を作成する

-sf
ファイルからの選択を提供する

-セルポス （原子）
選択参照位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
全体_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、
dyn_mol_cog

-選択する
除外ボリュームの一部とみなされる原子

-半径 (0)
挿入するプローブの半径 (nm、0 は真の自由体積を示します)

-シード （-1）
乱数発生器のシード。

-ニンインサート (1000)
軌道内の各フレームに対して試行する立方 nm あたりのプローブ挿入の数。

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